Discussion :

[perlaud]

Bonjour,
j'aimerais manipuler un fichier qui contient une très longue chaine de caractères(environ 200) sur une seule ligne, puis après appliquer des fonctions à cette chaine ( compter la longueur de cette chaine, par exemple,...)

Dc je me suis aidée du code donné à papyperl, mais cane marche tjrs pas!
car moi je veux récupérer tous les caractères du fichier ds une chaine et non pas dans un tableau

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl 
 
use strict;
 
my $fichier;
my $sequence;
my $longueur;
 
 
print " nom du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>); 
 
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!"; 
while ($sequence = <FIC>) 
{ 
chomp $sequence;
}
 
print $sequence;
close FIC;
 
 
$longueur=length($sequence);
print "\nlongueur de la seq $longueur\n";

le résultat n'est pas celui que j'attends car il me dise que la longueur de la séquence est de 0

merci d'avance

[Jeh]

bah en fait, ton code va fonctionner si t'as seulement ta longue ligne dans ton fichier. Par contre, si tu as ne serais-ce qu'une ligne blanche à la fin, bah $sequence=ligne blanche donc longueur = 0.
Sol à tester :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl 
 
use strict; 
 
my $fichier; 
my $sequence; 
my $longueur; 
 
 
print " nom du fichier a traiter : "; 
chomp ($fichier = <STDIN>); 
 
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!"; 
while ($sequence = <FIC>) 
{ 
$sequence.=$sequence;
chomp $sequence; 
} 
 
print $sequence; 
close FIC; 
 
 
$longueur=length($sequence); 
print "\nlongueur de la seq $longueur\n"

[Choupi]

Petit pb au niveau du $sequence .= $sequence donc tjs à 0.
J'ajoute une variable temporaire.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
my $fichier;
my $sequence;
my $seq;
my $longueur;
print " nom du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>);
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
while ($seq = <FIC>)
{
chomp $seq;
$sequence.=$seq;
}
print $sequence;
close FIC;
$longueur=length($sequence);
print "\nlongueur de la seq $longueur\n"

Je pense que ca marche. Lancé sur la source du script j'obtiens 355.

[perlaud]

ca ne marche tjrs pas avec aucun des deux codes,
j'ai retapé un autre fichier ( une ligne de 20 caractères) pour être sûre qu'il n'y a pas de retour à la ligne.

voici ce que j'obtiens

nom du fichier a traiter : essai
Use of uninitialized value in scalar chomp at ./longue_sequence.pl line 16, <FIC> line 1.
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ./longue_sequence.pl line 17, <FIC> line 1.
Use of uninitialized value in print at ./longue_sequence.pl line 21, <FIC> line 1.
Use of uninitialized value in length at ./longue_sequence.pl line 24.

longueur de la seq 0

[/code]

[Jeh]

Excellente remarque de Choupi !

Sinon, code testé, fonctionnel et sans warnings.

[perlaud]

oui !!!!!!!!!
ca y est!!!!!!
merci , je ne sias pas pourquoi ca ne marchait pas avant mais maintenant ca marche , cool!
merci à vous

[Jedai]

Bon bah c'est bien que ça marche, mais c'est peut-être pas la peine de faire bosser perl pour couper le fichier en lignes puis de réunir toutes les lignes, non ??
Y a un idiome très pratique pour faire ça, c'est :

Code :

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#!/usr/bin/perl
use strict;
 
my ($fichier, $sequence, $longueur);
 
print " nom du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>);
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
 
{ local $/; $sequence = <FIC> }
 
print $sequence;
close FIC;
$longueur=length($sequence);
print "\nlongueur de la seq $longueur\n"

Y a quand même une petite différence avec le code au-dessus, c'est que les passages à la lignes sont conservés, mais c'est un comportement qui est souvent souhaitable, et même s'il s'agissait d'une erreur, un tr/\n//d y remédierait sans doute plus vite que la solution précédente...
Pour plus de détails et un tas de trucs pratique pour traiter des fichiers en Perl, voir http://www.perl.com/pub/a/2004/06/18/variables.html .


--
Jedaï