Oui, si j'ai bien compris ce que tu veux faire, c'est tout à fait possible. Mais tu donnes trop peu de détails pour que je puisse t'aider beaucoup.
A priori, il faut commencer par établir une liste de fichiers à traiter.
Si le réseau est dans la variable $net, etc., tu peux récupérer ta liste de fichiers dans un tableau avec quelque chose comme cela:
my @liste = glob ("$chemin:${net}_${bench}_${nbnodes}_*.*";
Ensuite, tu peux ouvrir tous tes fichiers, un par un (ou même simultanément, mais c'est moins facile), récupérer tes données en mémoire puis écrire le fichier résultat. Mais tu ne donnes pas assez de détails sur le format des fichiers en entrée, la nature des données à utiliser, etc., pour que je puisse t'en dire plus.
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