Discussion :

[comme de bien entendu]

Bonjour,
Je suis sous MacOS X (Version 10.8.4) et je test Chimera avec Autodock Vina.
(programme de Docking moléculaire)
Lorsque je lance la commande, j'obtiens l'erreur décrite ci-dessous.
Je voudrais bien débugguer, je n'ai jamais touché à Python,
la seule chose que je sais c'est que l'extention Py signifie Python.
Je suis étonné du chemin indiqué car je ne trouve pas les chemins
et fichiers présents sur le poste. (pourtant je lance le programme sur le poste)
Serait il possible de me mettre sur la voie ? Comprendre ou sont les fichers
Pyhton et pouvoir les debugguer.
D'avance merci.

Code :

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Traceback (most recent call last):
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/share/vina/ws.py", line 391, in prepareReceptor
    execfile(scriptPath, d)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 172, in <module>
    delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 533, in __init__
    version=version, delete_single_nonstd_residues=delete_single_nonstd_residues)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 140, in __init__
    self.addCharges(mol, charges_to_add)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/AutoDockTools/MoleculePreparation.py", line 226, in addCharges
    chargeCalculator.addCharges(mol.allAtoms)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/MolKit/chargeCalculator.py", line 80, in addCharges
    babel.assignHybridization(atoms)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/PyBabel/atomTypes.py", line 127, in assignHybridization
    a.babel_atomic_number = self.get_atomic_number(a.babel_type)
  File "/Volumes/ChimeraInstaller/Chimera.app/Contents/Resources/lib/python2.7/site-packages/PyBabel/atomTypes.py", line 103, in get_atomic_number
    (name,_name) )
ValueError: Could not find atomic number for Ah Ah

[plxpy]

Bonjour

Les messages d'erreur que tu récupères font référence à une arborescence qui met en jeu une application MacOSX (le .app).

Les applications sont en fait des répertoires (tu peux le vérifier en utilisant Terminal) que tu vas "ouvrir" et pouvoir parcourir, sous Finder (navigateur de fichiers Mac), par click droit "afficher le contenu du paquet".

Tu retrouveras alors "tous tes petits". Ou pas...

[comme de bien entendu]

Ok Merci, je regarde cela ce soir.

[plxpy]

Le bout de code qui te fait des misères est le suivant (atomTypes.py, la ligne 103 de ton message correspond à la ligne 19 de l'extrait) :

Code :

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class AtomHybridization:
 
 
    def __init__(self):
        """constructor"""
        self.atoms = None
 
 
    def get_atomic_number(self, name):
        """return the element number for a given name or raises a
        ValueError exception if the element is not known"""
        _name = string.upper(name[0])
        if len(name)>1:
            if not name[1] in string.digits:
                _name = _name + string.lower(name[1])
        if _name in babel_elements.keys():
            return babel_elements[_name]['num']
        else:
            raise ValueError( "Could not find atomic number for %s %s"% \
                              (name,_name) )

La méthode get_atomic_number retourne le numéro atomique de l'élément dont le nom est passé en paramètre :

Code :

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>>> from atomTypes import AtomHybridization
>>> obj = AtomHybridization()
>>> obj.get_atomic_number('He')
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>>> obj.get_atomic_number('Ag')
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Pour l'hélium et l'argent, ça fonctionne mais pour "Ah" ...

Code :

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>>> obj.get_atomic_number('Ah')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "atomTypes.py", line 103, in get_atomic_number
    (name,_name) )
ValueError: Could not find atomic number for Ah Ah

Après, je suis trop rouillé question chimie pour continuer ...