Discussion :

[Odorono]

Bonjour,

J’utilise R 2.15.0.

J’aimerais construire un SpatialPolygonsDataframe à partir de deux objets, un spatialpolygonedataframe et un dataframe (cf NB ci-dessous), sur base d’une colonne commune IDbloc pour combiner les fichiers. Sachant que certains IDbloc de l’objet spatial ne se retrouvent pas dans le dataframe (donc pas le même nombre de lignes), et que l’ordre des IDbloc n’est pas le même dans les deux objets (les lignes correspondant aux IDblocs ne sont pas dans le même ordre dans les deux objets, donc je ne peux pas les matcher sur base de "row names").

J’ai essayé de combiner les deux objets avec :

Code :

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LIBE_RatDam.spdf<-SpatialPolygonsDataFrame(LIBE_blockID.spdf, LIBE_RatDam.df , match.ID= LIBE_RatDam.df$IDbloc)

Mais cela ne fonctionne pas car je n’ai pas le même nb de lignes (Erreur : length(Sr@polygons) == nrow(data) is not TRUE), et en plus pas dans le même ordre.

Comment faire ?

Des recherches m’ont laissée penser qu’il faudrait que j’utilise des fonctions comme match, spCbind et/ou spChFIDs, en enlevant dans l’objet spdf les lignes correspondant aux IDbloc qui ne se retrouvent pas dans l’objet df, et ensuite réorganisant les lignes dans l’objet df pour avoir le même ordre que dans l’objet spdf, mais je ne m’en sors pas, je n’arrive pas à produire un script qui fonctionne (je suis débutante avec R…).
Et je me dis en plus qu’il y a peut-être un moyen plus rapide/élégant.

Mille merci d’avance si quelqu’un peut m’aider...


NB :
- objet de classs SpatialPolygonsDataframe (nommé « LIBE_blockID.spdf ») qui matérialise sous forme de polygones les différentes blocs (=parcelles) d’une plantation/zone, avec pour @data une seule colonne « IDbloc » (le contenu de la colonne IDbloc correspond en fait à la valeur du numéro de la ligne). (Nb : cet objet est issu d’une couche .shp de QGIS)
- objet de class dataframe (nommé « LIBE2011a_RatDam.df »), avec une colonne « IDbloc » et plusieurs autres colonnes correspondant à des observations (observations mensuelles dans ces blocs pour le mois a de l’année 2011). Je n’ai pas forcément des observations pour tous les blocs recensés dans mon objet LIBE_blockID.spdf (sur base IDbloc : 1 ligne de « LIBE_blockID.spdf » pour 0 à 1 ligne dans « LIBE2011a_RatDam.df »). L’ordre des lignes selon la variable IDbloc est différent de l’objet précédent (et ne correspond pas au numéro des lignes).

[mathieu_r]

bonjour,

pour utiliser spCBind ou pour adjoindre un data frame à un objet de type spdf, il faut pour cela que les row.names soient identiques entre l'objet spatialPolygonsDataFrame et le data frame

Les row.names d'un objet spatial correspondent aux identifiants de chaque entité le constituant, identifiés par le slot "ID"

spCBind permet de joindre des données data frame à un objet de type SpatialPolygonsDataFrame, soit, un objet spatial pour lequel il existe déjà des données.

Dans votre cas, le plus simple consisterait sans doute à utiliser la fonction merge afin de joindre le data frame de l'objet spatial et celui duquel récupérer des infos:

Code :

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m <- merge(LIBE_blockID.spdf@data, LIBE_RatDam.df, by="IDbloc", all.x=TRUE)
row.names(m) <- row.names(LIBE_blockID.spdf)
spdf <- spCBind(LIBE_blockID.spdf, LIBE_RatDam.df)

Je n'ai pas testé mais revenez sur le forum s'il y a un point bloquant..

[Odorono]

Ok, merci bcp pour vos explications claries et précises. Je vais essayer votre option.

Pour info, j'ai eu une réponse sur un autre forum, et ça marche aussi (cela complete mon objet LIBE_blockID.spdf avec les variables dans LIBE_RatDam.df) :

Code :

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LIBE_blockID.spdf@data <- data.frame(LIBE_blockID.spdf@data,LIBE_RatDam.df[match(LIBE_blockID.spdf@data[,"IDbloc"],LIBE_RatDam.df[,"IDbloc"]),])

Le seul pb c'est qu'après je dois changer de nom, effacer LIBE_blockID.spdf pour ne pas faire de confusion la variable d'origine, et recréer cette dernière variable au besoin (ce qui n'est pas difficle car j'ai le shp)

Code :

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LIBE_RatDam.spdf<- LIBE_blockID.spdf
rm(LIBE_blockID.spdf)

Merci encore pour votre aide.