Discussion :

[LonieD]

Bonjour à tous,

Je souhaite construire un dendrogramme avec R.
Quelle forme doit avoir la matrice des distances ?
Doit on laisser les noms des colonnes et des lignes ?
Doit on la remplir (de façon symétrique avec une diagonale de zéros au milieu) ?
Ou doit on ne remplir qu'une moitié afin que les distances entre deux individus n'apparaissent qu'une fois ?

J'ai le message d'erreur suivant pour toutes mes tentatives d'utilisation de hclust :
Erreur dans if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : valeur manquante là où TRUE / FALSE est requis

Merci d'avance,
LonieD

[tomaprice]

Bonjour,

voici un petit exemple, afin de de mieux comprendre comment utiliser hclust() et dist().
La fonction dist() permet de générer une matrice de distance.
La fonction hclust() permet de faire le regroupement et de construire le dendograme.

Code :

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x = matrix(nrow=1000,ncol=100,data=rnorm(1000*100,0,1))
hrow=hclust(dist(x))
hcol=hclust(dist(t(x)))
 
plot(hcol)

Par défaut la distance utilisé est la distance "Euclidienne" et la méthode de regroupement "complete" .