Parser fixhier Xml a partir Url

**ldiaz** · 05/05/2013, 20h01

Bonjour a tous

j'essaie de parser ce fichier xml:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<eSummaryResult>
<DocSum>
	<Id>23550686</Id>
		  <Item Name="PubDate" Type="Date">2013 Apr 4</Item> Año mes dia
		  <Item Name="EPubDate" Type="Date"/>
		  <Item Name="Source" Type="String">N Engl J Med</Item>
		  <Item Name="AuthorList" Type="List">
		  <Item Name="Author" Type="String">Zehetner C</Item>
		  <Item Name="Author" Type="String">Bechrakis N</Item>
		</Item>
		  <Item Name="LastAuthor" Type="String">Bechrakis N</Item>
		  <Item Name="Title" Type="String">Images in clinical medicine. Stellate cataract.</Item> Título del artículo
		  <Item Name="Volume" Type="String">368</Item> Volumen
		  <Item Name="Issue" Type="String">14</Item> Fascículo de la revista
		  <Item Name="Pages" Type="String">e18</Item> Páginas Inicio y final  (creo que e=end)
		  <Item Name="LangList" Type="List">
		  <Item Name="Lang" Type="String">English</Item>
		</Item>
		  <Item Name="NlmUniqueID" Type="String">0255562</Item>
		  <Item Name="ISSN" Type="String">0028-4793</Item>
		  <Item Name="ESSN" Type="String">1533-4406</Item>
		  <Item Name="PubTypeList" Type="List">
		  <Item Name="PubType" Type="String">Journal Article</Item>
		</Item>
</DocSum>
</eSummaryResult>

Avec ce code PHP

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
 
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
 
$xml = simplexml_load_file($url);
 
foreach($xml->result->DocSum->row as $key=>$row){
    foreach($row->Item as $key => $value){
        echo $value['Name']." => ";
        echo $value."<br />";
    }
}
 
?>

Rien ne s'affiche a l'ecran, je ne suis pas sur que le code soit le correcte, quelqu'un connais la façon de recuperer des données?
Si oui, pourriez-vous poster un exemple?

Cecie est la sortie de print_r($xml)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

SimpleXMLElement Object ( [DocSum] => SimpleXMLElement Object ( [Id] => 23565222 [Item] => Array ( [0] => 2013 [1] => 2013 Apr 2 [2] => PLoS One [3] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => AuthorList [Type] => List ) [Item] => Array ( [0] => Lalremruata A [1] => Ball M [2] => Bianucci R [3] => Welte B [4] => Nerlich AG [5] => Kun JF [6] => Pusch CM ) ) [4] => Pusch CM [5] => Molecular identification of falciparum malaria and human tuberculosis co-infections in mummies from the fayum depression (lower egypt). [6] => 8 [7] => 4 [8] => e60307 [9] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => LangList [Type] => List ) [Item] => English ) [10] => 101285081 [11] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => ISSN [Type] => String ) ) [12] => 1932-6203 [13] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => PubTypeList [Type] => List ) [Item] => Journal Article ) [14] => PubMed - in process [15] => ppublish+epublish [16] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => ArticleIds [Type] => List ) [Item] => Array ( [0] => 10.1371/journal.pone.0060307 [1] => PONE-D-12-39756 [2] => 23565222 [3] => PMC3614933 [4] => 23565222 [5] => 23565222 [6] => pmc-id: PMC3614933; ) ) [17] => 10.1371/journal.pone.0060307 [18] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => History [Type] => List ) [Item] => Array ( [0] => 2012/12/16 00:00 [1] => 2013/02/25 00:00 [2] => 2013/04/02 00:00 [3] => 2013/04/09 06:00 [4] => 2013/04/09 06:00 [5] => 2013/04/09 06:00 ) ) [19] => SimpleXMLElement Object ( [@attributes] => Array ( [Name] => References [Type] => List ) ) [20] => 1 [21] => 0 [22] => PloS one [23] => doi: 10.1371/journal.pone.0060307 [24] => 2013;8(4):e60307 ) ) )

D'avance merci

**caballo** · 06/05/2013, 09h26

je verrai plutot un truc comme (à adapter) :

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$dom = new DOMDocument("1.0");
$var1= $dom->getElementsByTagName('Item');

et un foreach

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$i = 0;
foreach ($var1 as $ver) {
	if ($i == 0)
		echo $ver->nodeValue, PHP_EOL;
	$i++;
}

**ldiaz** · 06/05/2013, 09h57

Bonjour

merci pour ta reponse, j'ai ce nouveau code:

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
 
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
 
$xml = simplexml_load_file($url);
 
$dom = new DOMDocument("1.0");
$var1= $dom->getElementsByTagName('Item');
 
$i = 0;
		foreach ($var1 as $ver) {
			if ($i == 0)
				echo $ver->nodeValue, PHP_EOL;
			$i++;
		}
?>

Et le resultat est: page blanche.
Je dois laisser ma variable $xml qui recupere le fichier de la url?
D'avance merci

**caballo** · 06/05/2013, 10h03

ha oui, non mais dans la variable $dom par exemple je récupère un fichier (ici local)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$dom->load($file);

il faut que tu l'adapte pour l'url

**ldiaz** · 06/05/2013, 10h05

Donc dans mon cas je fais:

$dom->load($xml);

n'est ce pas?
je vais essayé comme ceci:

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
 
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
$xml = simplexml_load_file($url);
 
$dom->load($xml);
$var1= $dom->getElementsByTagName('Item');
 
$i = 0;
		foreach ($var1 as $ver) {
			if ($i == 0)
				echo $ver->nodeValue, PHP_EOL;
			$i++;
		}
?>

**ldiaz** · 06/05/2013, 10h25

Ufff ça marche pas,
la page done une erreur.

**tsuji** · 06/05/2013, 14h41

Faites attention aux chaînes de références aux enfants éléments.

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
 
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
 
$xml = simplexml_load_file($url);
 
//foreach($xml->result->DocSum->row as $key=>$row){
foreach($xml->DocSum->Item as $key=>$row){
    foreach($row->Item as $key => $value){
        echo $value['Name']." => ";
        echo $value."<br />";
    }
}
 
?>

**ldiaz** · 06/05/2013, 15h29

Bonjour,
a oui la je vois les données ça marche, bien que j'ai une question.
Regarde ceci c'est le resultat:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Author => Lalremruata A
Author => Ball M
Author => Bianucci R
Author => Welte B
Author => Nerlich AG
Author => Kun JF
Author => Pusch CM
Lang => English
PubType => Journal Article
doi => 10.1371/journal.pone.0060307
pii => PONE-D-12-39756
pubmed => 23565222
pmc => PMC3614933
eid => 23565222
rid => 23565222
pmcid => pmc-id: PMC3614933;
received => 2012/12/16 00:00
accepted => 2013/02/25 00:00
epublish => 2013/04/02 00:00
entrez => 2013/04/09 06:00
pubmed => 2013/04/09 06:00
medline => 2013/04/09 06:00

et ceci est le XML
Tu vois apres l'auteur PUSH CM nous avons LANG

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<Item Name="LastAuthor" Type="String">Pusch CM</Item>
<Item Name="Title" Type="String">
Molecular identification of falciparum malaria and human tuberculosis co-infections in mummies from the fayum depression (lower egypt).
</Item>
<Item Name="Volume" Type="String">8</Item>
<Item Name="Issue" Type="String">4</Item>
<Item Name="Pages" Type="String">e60307</Item>
<Item Name="LangList" Type="List">
<Item Name="Lang" Type="String">English</Item>

mais dans le fichier il y a des champs entre qui ne sortent pas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<Item Name="Title" Type="String">
Molecular identification of falciparum malaria and human tuberculosis co-infections in mummies from the fayum depression (lower egypt).
</Item>
<Item Name="Volume" Type="String">8</Item>
<Item Name="Issue" Type="String">4</Item>
<Item Name="Pages" Type="String">e60307</Item>
<Item Name="LangList" Type="List">

C'est a cause du </Item> ? Comment puis je faire pour tout sortir?
D'avance merci

**tsuji** · 06/05/2013, 17h11

Oui et c'est normal. Il ne s'agit vraiment pas d'Items du même niveau. Si vous voulez tous les 'Item', vous pouvez faire ça et je prends un peu de soins pour mettre au clair les niveaux parent-enfant par une indentation.

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
$xml = simplexml_load_file($url);
 
foreach($xml->DocSum as $key=>$row) {
    foreach($row->Item as $k=>$v) {
        echo $v['Name'];
        if (count($v->children())==0) {
            echo '=>',$v;
        }
        echo "\n";
        if (count($v->children())!=0) {
            foreach($v->Item as $kk=>$vv) {
                echo "\t",$vv['Name'],'=>',$vv,"\n";
            }
        }
    }
}
 
?>

**ldiaz** · 06/05/2013, 17h33

Whaaa genial, la oui je vois toutes les données.
Alors maintenant si je souhaite creer une table html avec ceci, je dois utiliser les 2 arrays n'est ce pas?

Comme t'as pu le constater j'y connais pas grand chose en php, mais je vais essayer de comprendre:

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
$xml = simplexml_load_file($url);

La je place le contenu du XML dans la variable $xml

Ensuite je vois 3 foreach ce qui veut dire qu'il y a 3 niveau dans le XML?
DocSum c'est le niveau le plus haut.
Et ensuite children()==0 ça sert a filtrer si Item possede un sous champs?

Bufff que c'est compliqué non?

Imagine que de tous ces champs je souhaite la date:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

EPubDate=>2013 Apr 2

le titre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Pusch CM Title=>Molecular identification of falciparum malaria and human tuberculosis co-infections in mummies from the fayum depression (lower egypt).

Le volume

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Volume=>8

et les issues

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Issue=>4 Pages=>e60307

je devrais utiliser $v['Name']
et $vv['Name']
?

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
foreach($xml->DocSum as $key=>$row) {
    foreach($row->Item as $k=>$v) {
        echo $v['Name'];
        if (count($v->children())==0) {
            echo '=>',$v;
        }
        echo "\n";
        if (count($v->children())!=0) {
            foreach($v->Item as $kk=>$vv) {
                echo "\t",$vv['Name'],'=>',$vv,"\n";
            }
        }
    }
}
 
?>

**ldiaz** · 06/05/2013, 21h27

Bonsoir,
voila ce que donne le nouveau code, melangé avec un peu de hrml:

Code php :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?php
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
$xml = simplexml_load_file($url);
 
echo"
<html>
<table border='1'>
        <tr>";
foreach($xml->DocSum as $key=>$row) {
    foreach($row->Item as $k=>$v) {
        echo "<td>".$v['Name']."</td>";
        if (count($v->children())==0) {
            echo "<td>$v</td></tr>";
        }
        echo "\n";
        if (count($v->children())!=0) {
            foreach($v->Item as $kk=>$vv) {
                echo "\t",$vv['Name'],'=>',$vv,"\n";
            }
        }
    }
}
echo "  </tr>
</table>";
 
?>

et le resultat:
tu peux le voir si tu clic ici:
http://opac.orex.es/admin_orex/xml.php

Tout ce qu'il me manque maintenant c'est pouvoir pointer sur un champs en particulier , par exemple, date, auteur, titre, volume et pages.

Et je devrais construir la page html avec ces valeurs.
Le probleme c'est que si je fais un foreach, ça parcours tout le array, si j'ai besoin que de quelques champs? y'a til un moyen de sortir quelques données sans foreach?

D'avance merci

**tsuji** · 07/05/2013, 11h07

Si vous prenez la page comme une application web, ne faut-il pas faire une stylisation plus consistante pour la plaisir de preneurs? Je la re-fais un peu dans cette direction.

Tout ce qu'il me manque maintenant c'est pouvoir pointer sur un champs en particulier , par exemple, date, auteur, titre, volume et pages.

Et je devrais construir la page html avec ces valeurs.
Le probleme c'est que si je fais un foreach, ça parcours tout le array, si j'ai besoin que de quelques champs? y'a til un moyen de sortir quelques données sans foreach?

SimpleXML supporte des notions de xpath avec une portée pratique mais pas tout l'ampleur de cette téchnologies. Je démontre comment faire pour les auteurs au bas de la page. Pour les autres, on peut faire pareils. Mais, si vous ne savez rien de xpath, vous devrez le apprendre. Je ne peux pas détailler tous et il n'y a pas de chemin courte de faire ce genre de choses correctemen.

Code php :

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<?php
$url = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=23565222";
$xml = simplexml_load_file($url);
 
echo" <html><body><table border='1'>";
foreach($xml->DocSum as $key=>$row) {
    foreach($row->Item as $k=>$v) {
        echo "<tr>";
        echo "<td>".$v['Name']."&nbsp;</td>";
        if (count($v->children())==0) {
            echo "<td>",$v,"&nbsp;</td></tr>";
        } else {
            echo "<td>---&nbsp;</td>";
        }
        echo "</tr>";
        if (count($v->children())!=0) {
            foreach($v->Item as $kk=>$vv) {
                echo "<tr>";
                echo "<td style='color:blue'>",$vv['Name'],"&nbsp;</td>";
                echo "<td style='color:blue'>",$vv,"&nbsp;</td>";
                echo "</tr>";
            }
        }
    }
}
echo "</table>";
 
$authors=$xml->xpath("//Item[@Name='Author']/text()");
echo "<div>authors:<br />";
foreach ($authors as $author) {
    echo "<div>", str_repeat("&nbsp;",4),'-',$author,"</div>";
}
echo "</div>";
 
echo "</body></html>";
 
?>

**ldiaz** · 07/05/2013, 15h09

Genial,
je vais faire l'adaptation ce soir et normalement avec ce nouveau code je devrait m'en sortir, merci beaucoup de ton aide !!
Si t'as besoin de conseils avec Oracle n'hesite pas.
Cordialement

Parser fixhier Xml a partir Url

XSL/XSLT/XPATH XML

Vue hybride

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