Bonjour,
Je vous réponds dans votre message :
D'accord.
Je ne vois pas encore ce qui c'est passé. Cependant, mon raisonnement me fait penser à la chose suivante. C'est comme si l'instance de votre programme voulait "verouiller" le fichier en écriture pour les autres, le temps d'écrire dedans, mais il ne libererait pas ce verouillage à l'issue, une sorte d'accès exclusif... Enfin, c'est une idée.
J'aime votre raisonnement, il m'inspire confiance. 
Pour précision, les fichiers sont-ils créés par votre programme, ou seulement manipulés. Genre, le premier qui tente d'y accéder le crée s'il n'existe pas, les suivants utilisent le fichier ainsi créé et se contentent de le manipuler ? Exactement ça.
Est-ce que le problème c'est présenté uniquement suite au lancement de plusieurs instances, ou le programme a été modifié et recompilé au même moment ? Uniquement lors du lancement de plusieurs instances du programme, pas de recompilation au même moment.
Avez-vous par hasard changé de dossier de stockage pour ces fichiers au même moment ? Non
En fait, sans rentrer dans les détails des traitements, pouvez-vous me préciser étape par étape le processus de création/manipulation uniquement pour ce qui concerne l'écriture/ouverture de ces fichiers ?
- check if file exists :
- si oui, on ecrase
- si non on le cree et on ecrit dedans
Dernier détail :
Quelle version de Java ? Java 6
Et, le programme il tourne sur la même machine que celle sur laquelle il est développé ? Dans le cas contraire, ce sont les mêmes OS ? CentOS environnement de compilation, programme installé sur RHEL6
Bref, voilà les questions que je me pose lorsque je tente de comprendre votre problème. Je me permets donc de vous les poser.
Bien à vous,
Arkh
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