Discussion :

[karaudrey88]

Bonjour,
J'ai un fichier SAM, et en utilisant le flag j'aimerais déterminer si les lectures sont reverse ou forward et si les lectures sont read1 ou read2.
Je sais qu'il faut utiliser les opérateurs bit a bit mais le code suivant ne fonctionne pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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8
 
my $readNumberBWA = 1;;
my $strand = "reverse";
 
	if (($flag & 128) != 0)  { $readNumberBWA = 2;}
	if (($flag & 16) != 0) { $strand = "forward";}
	print "$readNumberBWA\n";
	print "$strand\n";

Quelqu'un pourrait il m'aider SVP. Merci

[Gardyen]

Tu as une erreur au 2e test.
Si tu as 1 pour le 5e champ, c'est que ta séquence est reverse.

donc $flag & 16 ne retournera quelque chose que si la séquence est reverse, alors que toi tu la mets 'forward'.

au passage, il te suffit d'écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
if ($flag & 128)  { $readNumberBWA = 2;}
if ($flag & 16) { $strand = "reverse";}

, les tests bit à bit retournent une valeur ou 0

[karaudrey88]

Merci