Discussion :

[GLDavid]

Bonjour

Comme la fonction Rechercher a été désactivée (), me voici à vous poser cette question sans doute très bête. Je dipose d'une longue chaîne de caractère et je veux récupérer des morceaux de cette chaîne avec une certaine taille :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void Find_siRNAs(siRNA_Ensembl *ensemble, std::string sequence, int length, int MaxGC, int MinGC){
    for(unsigned int i=0; i<sequence.length(); i++){
        unsigned int window = i+length;
        if(window>sequence.length())
            break;
        else{
            std::cout << i << " " << window << std::endl;
            siRNA *si = new siRNA();
            si->sequence = sequence.substr(i, window);
            std::cout << si->sequence << std::endl;
            si->GC = getPercentGC(si->sequence);
            if(si->sequence.length()==(unsigned int)length)
                ensemble->ensembl.push_back(si);
        }
    }
}

Quand je regarde les paramètres de la fonction substr, ils sont corrects. Seulement, la fonction substr, me renvoit des chaînes de caractères de taille variable . Je pense ne pas avoir compris le fonctionnement de cette méthode qui diffère avec la fonction homonyme sous Perl.
Pouvez-vous m'éclairer ?
Merci d'avance.

@++

[Aurelien.Regat-Barrel]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(unsigned int i=0; i<sequence.length(); i++){
    unsigned int window = i+length;

c'est normal qu'à chaque itération la longueur varie. Je ne comprends pas ce que tu attends comme résultat.

Note que ton code comporte un problème:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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else{
            std::cout << i << " " << window << std::endl;
            siRNA *si = new siRNA();
            si->sequence = sequence.substr(i, window);
            std::cout << si->sequence << std::endl;
            si->GC = getPercentGC(si->sequence);
            if(si->sequence.length()==(unsigned int)length)
                ensemble->ensembl.push_back(si);
        }

si le if() est faux, l'allocation faite juste au dessus est perdue -> fuite de mémoire.

[GLDavid]

Bonjour Aurélien

Merci de ta réponse.
Néanmoins, je ne comprend ta remarque à ce niveau :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for(unsigned int i=0; i<sequence.length(); i++){
    unsigned int window = i+length;

Sinon, je te remercie pour ta remarque pour la fuite mémoire, je vais réparer ça.

@++

[GLDavid]

Hello

Ok, j'ai trouvé
Le deuxième paramètre est un offset et pas la position finale que je veux lire.
C'est bien compris.

@++