Discussion :

[upssn]

Bonjour,

J'ai un projet sur le language R à faire et je ne sais pas du tout comment m'y prendre, par où commencer...
J'ai seulement téléchargé le logiciel tinn-R ...

Le premier exercice commence par ça :
"Ecrire une fonction qui enregistre le code génétique contenu dans le fichier séquence.txt dans un vecteur. Chaque élément du vecteur contiendra une baze azotée de la séquence. Une fois la séquence enregistrée, le programme devra calculer le taux de A, U, C, G dans ce code génétique et le présenter sous la forme d'un histogramme."

J'ai essayer "d'insérer" le code génétique en txt dans R mais ça ne fonctionne pas puisque le fichier est seulement sur mon ordi...
Pouvez-vous m'éclairer ?

Merci d'avance.

[A. D.]

Bonjour,

Je vous conseille de commencer par jeter un oeil (et effectuer des tests avec R bien sûr !) à divers tutoriaux ou ouvrages (si vous en avez à disposition) sur R
Vous en trouverez probablement sur internet mais sinon il y en a pas mal répertoriés ici : http://r.developpez.com/.
Vous n'avez pas eu de cours de R sinon ?

Ensuite, pour vous aider à démarrer, pour ce qui est du chargement des données dans R, voir par exemple la fonction read.table.
Vous pouvez accéder à l'aide de cette fonction par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?read.table

N'hésitez pas ensuite à revenir poser vos questions de manière plus précise et à nous présenter votre code (même faux ou incomplet) sur le forum !

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[ced]

Bonjour,

En complément, jetez peut-être aussi un œil sur le projet suivant : http://www.bioconductor.org/. Cela peut vous donner des pistes.
Comme outil d'interface vers R, je vous conseille également RStudio, plus simple à mettre en œuvre et plus complet que Tinn-R (à mon goût du moins).

Bon courage et n'hésitez pas à revenir vers le forum pour préciser les problèmes que vous rencontrez.

[upssn]

Merci à vous,
J'ai déjà fait pas mal d'exercices avec R en cours mais c'étaient de simples calculs, puis on était sur linux avec une console différente. Maintenant que je suis chez moi avec d'autres logiciels, je ne m'y retrouve plus ...
Je vais regarder vos liens (merci) et télécharger Rstudio si il est mieux.
Mais je ne comprends pas comment utiliser le fonction read sans avoir enregistré au préalable ma séquence.txt sur le logiciel ...
Nous n'avons jamais vu ça en cours, puisqu'il s'agissait seulement de résoudre des algorithmes sans histogramme et fichier texte ...
En tout cas, merci, je vais me repencher dessus

[ced]

Si vous nous fournissez un extrait des premières lignes du fichier .txt, on peut vous aider à utiliser la fonction read.table de manière correcte.

[upssn]

J'ai réussi à faire ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> getwd()
[1] "C:/Users/Sarah/Documents"
> read.table("sequence.txt")
   V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10
1   A  C  C  U  G  U  C  A  A   A
2   C  A  A  A  U  C  U  G  G   U
3   C  A  A  C  C  U  G  U  G   U
4   C  C  A  A  U  U  C  A  G   G
5   U  C  U  G  A  A  C  C  U   C
6   A  A  A  C  C  G  U  G  U   A
7   C  A  G  U  A  G  C  A  U   C
8   A  C  A  U  G  G  U  G  A   A
9   C  C  U  U  G  U  C  A  C   A
10  U  G  C  A  C  A  U  C  A   A
11  U  A  A  C  G  G  U  A  C   U
12  A  G  G  U  C  U  A  A  U   G
> seq<-scan(file="sequence.txt",what="character")
Read 120 items
> seq
  [1] "A" "C" "C" "U" "G" "U" "C" "A" "A" "A" "C" "A" "A" "A"
 [15] "U" "C" "U" "G" "G" "U" "C" "A" "A" "C" "C" "U" "G" "U"
 [29] "G" "U" "C" "C" "A" "A" "U" "U" "C" "A" "G" "G" "U" "C"
 [43] "U" "G" "A" "A" "C" "C" "U" "C" "A" "A" "A" "C" "C" "G"
 [57] "U" "G" "U" "A" "C" "A" "G" "U" "A" "G" "C" "A" "U" "C"
 [71] "A" "C" "A" "U" "G" "G" "U" "G" "A" "A" "C" "C" "U" "U"
 [85] "G" "U" "C" "A" "C" "A" "U" "G" "C" "A" "C" "A" "U" "C"
 [99] "A" "A" "U" "A" "A" "C" "G" "G" "U" "A" "C" "U" "A" "G"
[113] "G" "U" "C" "U" "A" "A" "U" "G"

La séquence est bien enregistrée là ?

[ced]

Avec la fonction scan, oui : vous obtenez bien un vecteur de 120 éléments (un par base).
Ça semble donc correct.
Ne reste plus qu'à sortir le nombre de chacune des bases et l'histogramme.
Besoin d'aide pour ça ?