Discussion :

[alaninho]

Bonjour,

Après la copie d'un pointeur dans un autre, j'obtiens une erreur de segmentation mais je ne comprends pas pourquoi.

Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void fullTreeInit(Element * elt, int depthTreeCurrent, int randDepth, vector<Element*>& leaves, int nbSeqByST, int *tabSeq, string * aligt, int racine, Element *father){ //si le noeud est la racine, racine=0 sinon racine=1
	//cout<<"nbSeqByST : "<<nbSeqByST<<endl;
	//cout<<"randDepth : "<<randDepth<<endl;
	if(depthTreeCurrent==randDepth){
		elt->STl=NULL;
		elt->STr=NULL;
		elt->posGap=-1;
		elt->lengthGap=-1;
		//elt->tabSequenceInST=NULL;
		elt->sizeTab = nbSeqByST;
		if(nbSeqByST==1){
			elt->indexSequence=tabSeq[0];
			//elt->tabSequenceInST=(int*)malloc(elt->sizeTab*sizeof(int));
			memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq,  sizeof(elt->tabSequenceInST) );
			//elt->tabSequenceInST=tabSeq;
		}
		else{
			elt->indexSequence=-1;
			//elt->tabSequenceInST=NULL;
		}
	}
	else{
		//création des 2 sous arbres
		//~ if(racine==1){
			//~ elt->nodeFather=father;
		//~ }
		elt->STl = new Element();
		elt->STr = new Element();
 
		elt->STl->nodeFather=elt;
		elt->STr->nodeFather=elt;
 
 
		elt->sizeTab = nbSeqByST;
		elt->indexSequence=-1;
// 		cout<<"test"<<endl;
// 		for(int i=0;i<elt->sizeTab;i++){
// 			cout<<"tabSeq : "<<tabSeq[i]<<endl;
// 		}
 
 
 
		if(nbSeqByST!=0){
			memcpy( elt->tabSequenceInST, tabSeq,  sizeof(elt->tabSequenceInST));
		}
 
		//on n'ajoute pas de gap sur un noeud contenant toutes les séquences
		if(nbSeqByST==nbSequence){
			elt->posGap=-1;
			elt->lengthGap=-1;
		}
		else{
			int minLength=min(nbSeqByST, tabSeq);
			if(tossCoin(1.0)){
				elt->posGap=random(0, minLength+1);//choix au hasard d'un nombre pour la position des gaps
				elt->lengthGap=rand() %10+1;//nombre au hasard pour le nombre de gaps ajoutés
				for(int j=0;j<nbSeqByST;j++){
					int idSeq = tabSeq[j];
					string seqGap=aligt[idSeq];
					string newSeqGap="";
					//~ aligt[idSeq]=addGap(seqGap, seqGap.size(), elt->posGap, elt->lengthGap, newSeqGap);
				}
			}
			else{
				elt->posGap=-1;
				elt->lengthGap=-1;
			}
		}
 
		int sizeTabL=0;
		int sizeTabR=0;
		int nbLeavesCurrent = expo(2, randDepth-depthTreeCurrent);//nombre de feuilles à* la fin du sous arbre
 
		sizeTabL=random(0, nbSeqByST+1);
		sizeTabL=seqShareRandom(nbLeavesCurrent, nbSeqByST, sizeTabL);
		sizeTabR=nbSeqByST-sizeTabL;
 
		//tableau avec les séquences se trouvant dans le sous arbre
		int tabSTr[sizeTabR];
		int tabSTl[sizeTabR];
 
 
		//ajout au hasard des séquences dans les tableaux contenant les séquences dans le sous arbre
		int r=0;
		int l=0;
		for(int i=0; i<nbSeqByST; i++){
			int a=random(0,2);
			if(a==0 && l<sizeTabL){
				tabSTl[l]=tabSeq[i];
				l++;
			}
			else{
				if(r<sizeTabR){
					tabSTr[r]=tabSeq[i];
					r++;
				}
				else{
					tabSTl[l]=tabSeq[i];
					l++;
				}
			}
		}
 
 
		//initialisation noeud père
 
 
		fullTreeInit(elt->STl, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabL, tabSTl, aligt, 1, elt);
		fullTreeInit(elt->STr, depthTreeCurrent+1, randDepth, leaves, sizeTabR, tabSTr, aligt, 1, elt);
	}
}

j'ai fais une recherche avec Valgrind mais je ne comprends pas où est l'erreur.

Stack overflow in thread 1: can't grow stack to 0x7fe801fe0
==5376==
==5376== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==5376== Access not within mapped region at address 0x7FE801FE0
==5376== at 0x4C28AEA: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:261)
==5376== If you believe this happened as a result of a stack
==5376== overflow in your program's main thread (unlikely but
==5376== possible), you can try to increase the size of the
==5376== main thread stack using the --main-stacksize= flag.
==5376== The main thread stack size used in this run was 8388608.
==5376== Stack overflow in thread 1: can't grow stack to 0x7fe801fd8
==5376==
==5376== Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
==5376== Access not within mapped region at address 0x7FE801FD8
==5376== at 0x4A2359C: _vgnU_freeres (vg_preloaded.c:58)
==5376== If you believe this happened as a result of a stack
==5376== overflow in your program's main thread (unlikely but
==5376== possible), you can try to increase the size of the
==5376== main thread stack using the --main-stacksize= flag.
==5376== The main thread stack size used in this run was 8388608.
==5376==
==5376== HEAP SUMMARY:
==5376== in use at exit: 53,344,335 bytes in 213,176 blocks
==5376== total heap usage: 222,618 allocs, 9,442 frees, 54,204,936 bytes allocated
==5376==
==5376== LEAK SUMMARY:
==5376== definitely lost: 0 bytes in 0 blocks
==5376== indirectly lost: 0 bytes in 0 blocks
==5376== possibly lost: 2,407 bytes in 45 blocks
==5376== still reachable: 53,341,928 bytes in 213,131 blocks
==5376== suppressed: 0 bytes in 0 blocks
==5376== Rerun with --leak-check=full to see details of leaked memory
==5376==
==5376== For counts of detected and suppressed errors, rerun with: -v
==5376== Use --track-origins=yes to see where uninitialised values come from
==5376== ERROR SUMMARY: 12902 errors from 7 contexts (suppressed: 4 from 4)
Erreur de segmentation

Est ce que quelqu'un peut m'aider?

Merci

Alaninho

[Knacki]

Salut!

Alors j'ai regardé rapidement les messages d'erreurs. A priori tu essaye d'accéder à une zone mémoire qui n'a pas été allouée.

Je n'ai pas encore regardé ton code dans le détails. Mais tu peux peut être rajouter des tests te permettant de voir si tes pointeurs ne sont pas à NULL avant de les utiliser. C'est une première piste de recherche.

Après, lorsque tu copie des pointeurs d'objets je te conseil d'utiliser des constructeurs par recopie prenant en paramètre le pointeur vers l'objets à copier.

As-tu essayé de faire du pas-à-pas à l’exécution pour isoler les lignes qui posent problème ?

[white_tentacle]

C’est quoi la définition de Element, et notamment de tabSequenceInST ?

C’est un bon candidat : tu écris dedans, il n’est jamais alloué.