Discussion :

[wonderyan]

Bonjour,

j'allucine, après quand même pas mal de recherches, de constater qu'on ne peut traiter un scalaire en tableau de caractères en perl.

par exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
 
$seq = 'ACGTACGT';
print $seq[3]

ne donne rien (voire une erreure avec use strict et pas 'T').

J'espère que je suis complètement à la masse et que vous avez une solution !

[GLDavid]

Bonjour

A mon avis, tu confonds avec PHP. Une solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
my $seq = 'ACGTACGT';
 
print "".substr($seq, 3, 1);

Maintenant, tu peux en faire une fonction

@++

[wonderyan]

Y'a pas moins lourd que d'utiliser substr??!!!!
Un peu décevant le perl!...

[Jedai]

Il est très (très) rare qu'on ait besoin de traiter un "tableau de caractère" en Perl parce que ses fonctions de manipulations de string sont beaucoup plus puissantes et accessibles que dans la plupart des autres langages. Ce "manque" qui semble te décevoir traduit donc simplement le fait que tu ne sais pas encore faire ce que tu veux en Perl et que tu emploies donc une méthode d'un autre langage. Si tu nous donnait un exemple des manipulations que tu souhaites effectuer, on pourrait essayer de te montrer.

--
Jedaï

[Tygrou]

sinon tu peux aussi stocker ta variable scalaire dans un tableau

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
 
my $seq = 'ACGTACGT';
my @dna = split('',$seq); #tu split ton tableau par une chaine vide, doc tu auras chaque lettre dans une case du tableau
 
print $dna[2];

[/code]

[wonderyan]

Ouai non je sais que perl est quand même bien conçu mais c'est domage d'avoir "supprimé" cette "fonctionnalité" qu'on trouve dans python par exemple.

Ce que je veux faire touche à la biologie mais en terme simple je veux regarder le nombre de différences entre 2 chaines de caractères.

Exemple les 2 chaines (séquences):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
 
$seq1="AAATAAATAAA"
$seq2="AATAATTT"

Dans cet exmple le but serait de comparer position par position toutes les lettres des 2 chaines puis décaler la plus petite d'un caractère par rapport à la plus grande et recomprarer et etc.
Soit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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12
 
AAATAAATAAA
AATAATTT  --> 4 différences
 
AAATAAATAAA
 AATAATTT  --> 2 différences
 
AAATAAATAAA
  AATAATTT  --> 4 différences
 
AAATAAATAAA
   AATAATTT  --> 6 différences

et donc retourner le nombre minimum de différence possible entre ces 2 chaines (ici 2).
Et du coup on imagine grandement l'avantage de traiter les string comme des chaines de caractères dans ce cas.
D'autant que j'aurai dans le pire des cas plusieurs 100 000 de comparaisons à faire!
Mais ne t'embète pas trop avec ça je vais me débrouiller!
Merci pour ta patience.

[wonderyan]

Bien vu le split avec "" comme motif! Je n'avais même pas imaginé que ça pourait marcher!
Merci

(mais je maintien que c'est domage le coup du tableau de caractères. Parceque deriere le split se cache quand même quelques opérations qui alourdissent la tache...)

[Tygrou]

Tu as pensé à regarder dans les librairies de BioPerl s'il y avait des choses qui pourraient t'aider ?

[wonderyan]

J'ai repéré un bon module que j'ai en plus d'installé sur mon ordi, le Bio::Tools::dpAlign, mais il me faut le package bio-ext (avec tous les binaires j'imagine) et mon problème c'est que je galère formidablement à installer quoique ce soit avec le cpan (j'avais installé bioperl avec un rpm de mandriva tout bien fait).