Discussion :

[jeannot75]

Bonjour,

Je débute avec Image J. J'ai passé du temps à lire la doc et à lire les messages déjà postés.

Mon objectif est de calculer des surfaces d'hématomes. D'une part la surface complète et ensuite selon trois intervalles de couleurs.

Ce que j'ai déjà tenté :
- passage en niveaux de gris 8-bit
- Modifications des tons de gris et ajuster les seuils d'intensité de sorte que les aires qui ne t'intéresse pas fasse partie du "background"
Image > Adjust > Threshold
- Process > Noise> Remove Outliers
- Analyze > Analyze Particles

Plusieurs problèmes :
L'utilisation de Threshold ne me donne pas des "zones" bien définies, ce à quoi je m'attendais. Ni d'ailleurs l'utilisation du Noise, Remove.

L'analyze particles me donne des aires mais je n'arrive pas à voir à quelles surfaces cela correspond.

Est-ce que quelqu'un peut me tuyauter ? En pièce jointe l'hématome...

Jean

[jeannot75]

Alors depuis mon post, ça a évolué, j'ai réussi à définir des surfaces, à les ajouter à la ROI manager et à les calculer en initialisant l'échelle.

Ce que je voudrais faire est :

• Définir la zone de l'hématome : sans doute de manière manuelle
• Utiliser une macro qui me permet de calculer les surfaces selon un code couleur défini : jaune, violet et entre jaune et violet.

La difficulté réside à définir ces couleurs et à prendre en compte le changement de la valeur du pixel alors que cela correspond à l'intervalle du jaune (par exemple). J'espère être clair.
Reste également à définir la macro...

Jean.

[Kangourou]

salut,

une réponse un peu tardive, mais comme ca reste ouvert...

Pour la segmentation, tu peux essayer le plugin "Color Threshold". Il permet de différencier les régions en fonction des composantes colorimétriques, ce qui souvent marche mieux que le simple passage en niveaux de gris.

Pour les mesures d'aires (et de longueur d'ailleurs), il te faut une calibration spatiale. Sans calibration, tu auras les informations en pixels carrés, ce qui n'est pas très utile en soi. Il y une option "Set Scale" dans les menus, qui permet de calibrer l'image. Le principe est de sélectionner l'outil "ligne", de joindre les marques sur la règle, et de renseigner les option de la fenêtre. Quand on utilise Analyse particles, le résultat doit alors être calibré.

A+