Bon, le plus simple est de faire une classe Main de ton code .java, ensuite, tu appelle cette méthode Java comme ceci:
	
	java -cp .;$CLASSPATH chemin.vers.ma.classe.Main arg1 arg2
 tu aurais
	
	| 12
 3
 4
 5
 6
 7
 
 | cmd1 my_program & my_pid=$!
while cmd2 $my_pid
do
sleep 60
#appel d'une méthode java
java -cp .;$CLASSPATH chemin.vers.ma.classe.Main arg1 arg2
done | 
 Par contre, si tu veux appeler un script shell à partir de ton code Java, il faut dans ce cas allez au forum Java et poster ta question là-bas.
En sachant que tu dois utiliser Runtime.exec() ou ProcessBuilder
						
					
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