Bonjour,
J'ai intégré quelques fonctions R dans un script perl.
Les fichiers voulus sont bien créés en revanche j'ai un petit problème avec le fichier de sortie R. Dans ce fichier je doit retrouver le résultat des fonctions R et non le script lui même.
Quelqu'un pourrait il m'aider SVP Merci.
Voici le code utilisé

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
 
my ($sample1,$sample2);
GetOptions(	"sample1:s" => \$sample1,
		"sample2:s" => \$sample2			
);
 
if (!defined $sample1) {
	die "Error : samlpe1 missing\n";
}
if (!defined $sample2) {
	die "Error : samlpe2 missing\n";
}
 
#create R file instructions file
my $routfile = "$sample1\_$sample2.R";
open (ROUT,">$routfile")or die "\nError : $routfile file could not be created: $!\n";
print ROUT qq(
m <- read.table ("$sample1\")
p <- read.table ("$sample2\")
res <- numeric(ncol(m))
for(i in 1:ncol(m))
	res[i] <- var.test(m[,i]  , p[,i])\$p.value  
	res
);
close ROUT;
 
 
#create qsub file
my $qsuboutfile = "$sample1\_$sample2.qsub";
open (QSUB,">$qsuboutfile")or die "\nError : $qsuboutfile file could not be created: $!\n";
print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -V
#\$ -m ea
#\$ -o $qsuboutfile.out
#\$ -e $qsuboutfile.err
#\$ -cwd
#\$ -q short.q
#\$ -pe thread 3
 
# command(s):
R CMD BATCH  $routfile
);
close QSUB;