Bonjour.
Il faut aussi faire attention à installer les bons packages. PHP en mode shell s'installe comme ceci sous Debian & co :
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| sudo aptitude update # mise à jour des dépots (si ça n'a pas été fait)
sudo aptitude install php5-cli |
Comme le dit Etre_Libre, il suffira ensuite d'appeler le script php via la ligne de commande :
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| echo "PATH=$PATH:/chemin_vers_executable_php" >> ~/.bashrc # pour être tranquille une bonne fois pour toute
# on redémarre le shell
php mon_script.php |
Pour répondre à ta question sur les paramètres passés au script, un peu comme en C, tu as un tableau $argv et $argc pour le nombre d'arguments passés au script.
Donc pour passer des arguments :
php my_script.php arg1 arg2
Après je te laisse regarder : var_dump ($argv); 
Enfin, comme le dit N_Bah, Bash pourrait éventuellement suffire avec un truc dans le style :
echo "UPDATE table SET truc = 'machin' WHERE machin = 'truc';" | mysql -u root nom_db
Bon après avec la gestion des mots de passes, ça risque d'être un peu plus galère qu'avec PHP 
Cordialement,
Idriss
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