Mon arbre manque de feuille (lxml)

**jean-pat** · 27/02/2012, 21h21

Bonjour,
Je cherche à construire un arbre xml à partir d'une arborescence de répertoires.Les répertoires sont bien représentés dans l'arbre. Maintenant, je souhaite ajouter certain fichiers dans l'arbre. Ces fichiers sont présents dans les répertoires terminaux:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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:~/Applications/ImagesTest/CytoProject/Jpp48/19/DAPI$ ls -latotal 3088
drwxr-xr-x 2 claire claire    4096 2003-07-10 16:32 .
drwxr-xr-x 5 claire claire    4096 2003-07-10 16:32 ..
-rw-r--r-- 1 claire claire 3150108 2001-08-28 20:02 1.tif

Pour l'instant le fichier xml ressemble à cela:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CytoGenet>
  <slide name="JPP50">
    <field name="5" ROI="x0,y0,x1,y1">
      <fluorochrome name="CY3"/>
      <fluorochrome name="DAPI"/>
    </field>

et je voudrais obtenir:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CytoGenet>
  <slide name="JPP50">
    <field name="5" ROI="x0,y0,x1,y1">
      <fluorochrome name="CY3"/>
        <image name="1.TIF" exposure="100"/>
      <fluorochrome name="DAPI"/>
        <image name="1.TIF" exposure="10"/>
    </field>

Le code est le suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Tue Jan 31 13:30:22 2012
 
@author: 
"""
import lxml.etree as et
import os,re
 
def filtreImages(files):
    filtlist=[]
    #a file name like 1.TIF or 1.tif
    regex=re.compile('([1-9]+)\.(TIF|tif)$')
    if len(files)>0:
        for f in files:
            result=regex.search(f)
            if result<>None:
                #print f
                filtlist.append(f)
 
    #print filtlist
    return filtlist
 
def makeNodes(node_dirs, root, leveldirlist, root_level,files):
    code={0:'slide',1:'field',2:'fluorochrome',3:'TooDeep'}
    for d in leveldirlist:
        #child = et.Element("node{0}".format(root_level), name=d)
        child = et.Element(code[root_level], name=d)
        if code[root_level]=='field':
            child.set('ROI','x0,y0,x1,y1')
        nodes_dirs[os.path.join(root, d)] = child
        nodes_dirs[root].append(child)
        if len(files)>0:        
            for image in files:
                print " root",root," root_level",root_level," image",image
                child=et.Element("image",name=image, position='-1,-1', exposure='0.0')
                nodes_dirs[os.path.join(root, d)] = child
                nodes_dirs[root].append(child)
 
level={}            
if __name__ == '__main__':
    topdir = '/home/claire/Applications/ImagesTest/CytoProject'
    projetxml = et.Element('CytoGenet')  # racine
    parent = projetxml
    nodes_dirs = {topdir: parent}
    ln_root = len(topdir)
 
    for root, dirs, files in os.walk(topdir):
        lvl = root[ln_root:].count(os.path.sep)
        #print nodes_dirs
        filtered=filtreImages(files)
        #print filtered
        makeNodes(nodes_dirs, root, dirs, lvl,filtered)
 
 
    print(et.tostring(projetxml,pretty_print=True))
    print projetxml.getchildren()[0].get("name")
    print projetxml.getchildren()[1].get("name")
    slides=projetxml.getchildren()
 
    metaphases1=slides[0].getchildren()
    metaphases2=slides[1].getchildren()
    for m in metaphases2:
        print m.get("name")

Il est clair que ça coince ici:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 if len(files)>0:        
            for image in files:
                print " root",root," root_level",root_level," image",image
                child=et.Element("image",name=image, position='-1,-1', exposure='0.0')
                nodes_dirs[os.path.join(root, d)] = child
                nodes_dirs[root].append(child)

Merci par avance de vos conseils.

Jean-Patrick

**jean-pat** · 29/02/2012, 15h55

Bonjour,
Pour essayer de comprendre, je travaille sur un répertoire modèle:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ ls -R
.:
A  B
 
./A:
1  2
 
./A/1:
F1  F2
 
./A/1/F1:
1.TIF
 
./A/1/F2:
1.TIF
 
./A/2:
F1  F2
 
./A/2/F1:
1.TIF
 
./A/2/F2:
1.TIF
 
./B:
1
 
./B/1:
F1  F2  F3
 
./B/1/F1:
1.TIF
 
./B/1/F2:
1.TIF
 
./B/1/F3:
1.TIF

avec le code précédent, j'ai l'objet xml suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<CytoGenet>
  <slide name="A">
    <field name="2" ROI="x0,y0,x1,y1" coord="x,y">
      <fluorochrome name="F1"/>
      <fluorochrome name="F2"/>
    </field>
    <field name="1" ROI="x0,y0,x1,y1" coord="x,y">
      <fluorochrome name="F1"/>
      <fluorochrome name="F2"/>
    </field>
  </slide>
  <slide name="B">
    <field name="1" ROI="x0,y0,x1,y1" coord="x,y">
      <fluorochrome name="F1"/>
      <fluorochrome name="F2"/>
      <fluorochrome name="F3"/>
    </field>
  </slide>
</CytoGenet>

J'ai bien du mal avec os.walk, mais pas à pas, je devrais arriver à inclure les fichiers contenus dans les répertoires F1 F2 et F3, dans l'arborescence xml.

Si quelqu'un a un tuyau... merci d'avance.

Jean-Patrick

**mont29** · 29/02/2012, 20h14

Bonsoir,

Je n’ai pas testé, mais je pense que le code de makeNodes devrait plutôt ressembler à ceci (commentaires et explications inclus dans le code

)*:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def makeNodes(node_dirs, root, leveldirlist, root_level, files):
    # Penser à aérer le code, c’est plus agréable à lire...
    code = {0: 'slide', 1: 'field', 2: 'fluorochrome', 3: 'TooDeep'}
    for d in leveldirlist:
        child = et.Element(code[root_level], name=d)
        if code[root_level] == 'field':
            child.set('ROI', 'x0,y0,x1,y1')
        nodes_dirs[os.path.join(root, d)] = child
        nodes_dirs[root].append(child)
    # Le "if len(file) > 0" est inutile, si une liste est vide,
    # itérer dessus revient à ne rien faire ;)
    #
    # files est indépendant de leveldirlist, il faut donc boucler dessus
    # "à part"!
    for image in files:
        print " root:", root, " root_level:", root_level, " image:", image
        child = et.Element("image",name=image, position='-1,-1', exposure='0.0')
        # Ne surtout pas utiliser d ici! Sinon, on écrase les nœuds définis
        # dans la boucle précédente... image devrait faire l’affaire :p
        nodes_dirs[os.path.join(root, image)] = child
        nodes_dirs[root].append(child)

Le problème clé était donc très certainement de mélanger traitement de la liste des dossiers (leveldirlist) avec celui de la list des fichiers (files)…

**jean-pat** · 01/03/2012, 15h46

Un grand merci pour votre aide et vos explications.

Jean-Patrick Pommier

Mon arbre manque de feuille (lxml)

Python

Vue hybride

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