Discussion :

[Nifaste]

Bonjour à tous,

Le script ci dessous fonctionne très bien lorsque je l'applique à un exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
#	Input file: a fasta file
#	Output file: a unique fasta file
#	Command line: perl test.pl infile.fasta
 
use strict;
use warnings;
#read the file into a hash
my %seq;
my $title;
my $infile=shift or die "give me a infile\n";
open (IN,"$infile");
while (<IN>){
	$_=~s/\n//;
	$_=~s/\r//;
	if ($_=~/>/){
		$title=$_;
		$title=~s/>//;
	}
	else{
		$seq{$_}=$title;
	}
}
close IN;
print "bonjour";
#remove the abundant sequences
my @seq=keys (%seq);
my @uniqueseq;
my $find=0;
foreach (@seq){
	$find=0;
	my $seq=uc($_); #uppercase (retourne la chaine en majuscule)
	foreach (@uniqueseq){
		if ($seq=~m/$_/){
			$_=$seq;#replace with longer seq
			$find=1;
		}
		if ($_=~/$seq/){
			$find=1;
		}
	}
	if ($find==0){
		push @uniqueseq,$seq;
	}
}
#outout the final result
open (OUT,">output.fasta");
foreach (@uniqueseq){
	print OUT ">$seq{$_}\n$_\n";
}
close OUT;

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>dme_pi_0_22_21
TACAGGTGAAAAACATAGCCAG
>dme_pi_1_23_77
TCCACAACGATGGAAGATGATGA
>dme_pi_2_24_10
CCAGGGCTAGCCCAAGATGTTGCT
>dme_pi_3_25_1
GACGACAAGGGATTGGCATTGTTGG
>dme_pi_4_28_1
TCTGAGAAGTCAGCCCTCTCCACGACCG
>dme_pi_5_26_1
CATCTATCACCAGCATAAGCGGTCTT
>dme_pi_6_24_1
CACTGTTCTTGCAAGACGCAGCTG
>dme_pi_7_25_1
TGGGAACAACGCGTGTTGTTGGCCC
>dme_pi_8_27_1
TATGGACGGACTCTAAGACGGTGCTGA
>dme_pi_9_25_2
TTGCAGCCACTCTGGTCCGTGCCAC

En revanche, dès que je l'applique à ce fichier : http://filez.univmed.fr/download.php?ad=7987f4zJuw
J'obtiens le message d'erreur suivant en arrêtant le programme prématurément :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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perl remove_redondance.pl fasta.fa
Can't coerce UNKNOWN to string in iter at remove_redondance.pl line 34.
Use of uninitialized value $seq in pattern match (m//) at remove_redondance.pl l
ine 34.
Use of uninitialized value $seq in regexp compilation at remove_redondance.pl li
ne 38.
Use of uninitialized value $_ in pattern match (m//) at remove_redondance.pl lin
e 38.
panic: pp_iter at remove_redondance.pl line 38.
bonjour

Je ne comprends pas le problème, quelqu'un pourrait m'aider ?
Merci d'avance, et bonne journée

[Dimitry.e]

Il s'arrête sur quelle ligne de ton fichier exemple ? Quelle est la ligne de code où intervient l'erreur ?

[Nifaste]

Il s'arrête sur quelle ligne de ton fichier exemple ? Quelle est la ligne de code où intervient l'erreur ?

ligne 34 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($seq=~m/$_/){

et ligne 38 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if ($_=~/$seq/){

[Philou67430]

Je n'ai pas chercher à comprendre ce que fait exactement l'algorithme, mais sache tout de même qu'il existe une fonction uniq de List::MoreUtils qui retourne un tableau avec des valeurs "uniques" depuis un tableau contenant des doublons.

Il est aussi possible de peupler ce genre de tableau de la manière suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @tableau_avec_doublon = qw(a a b c d d e f);
my %uniq;
my @tableau_sans_doublon = grep !$uniq{$_}++, @tableau_avec_doublon;

[zanker]

Les erreurs sont affichées clairement par Perl lors de sa compilation.

Pour la première, tu fais une boucle foreach() sur la variable liste @uniqueseq qui est vide, donc le "$_" suivant n'est pas défini.
La dernière erreur est un problème dans la boucle sur la liste @uniqueseq. Tu lui ajoutes de nouvelles valeurs alors que la boucle iter dessus.

[Nifaste]

Je ne comprends pas pourquoi ca marche dans mon premier fichier et pas dans le deuxième ....