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[Invité]

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strncmp(B, ['< ' lower(fib)], length(fib)+2)
strncmp(C, ['< ' lower(fic)], length(fic)+2

Comment savoir si il y a des équivalences?

D'après ce que j'ai compris, tu dois seulement comparer les contenu de B et C avec A, donc ces deux lignes n'ont pas lieu d'être.
fid, fib et fic sont les identifiants des fichiers, il ne contiennent aucunement leur contenu: ce sont tes variables A, B, C qui les contiennent.
STRNCMP renverra 1 (true) lorsque le critère sera trouvé, 0 (false) sinon.

Avant de chercher à écrire ton fichier de fin, commence par comprendre comment sont organisées tes variables A, B et C, ainsi que le fonctionnement de la fonction STRNCMP avec un contenu réduit (changé pour contenir des critères de B et C):

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A = {'< l02c06p005v02i1 , fs , s , fs , p >'
    '< l0jc01p001v02i1 , c1_1 , c , loi , p >'
    '< l0hc03p00kv01i2 , c2_2 , c , loi , p >'
    '< l01c01p002v04i1 , c3_1 , c , def , p >'
    '< l01c04p00gv01i1 , c3_3 , c , log , p >'
    '< l0bc01p003v02i1 , c3_1 , m , loi , p >'
    '< l05c05p006v03i1 , c3_3 , m , log , p >'
    '< l0cc05p001v01i2 , c3_4 , m , loi , p >'
    '< l05c01p00vv04i2 , c4_6 , c , loi , p >'
    '< l0hc03p00pv01i2 , c4_11 , c , loi , p >'
    '< l0ac07p00mv03i1 , c4_5 , m , log , p >'
    '< l0hc03p002v02i1 , c4_10 , m , loi , p >'};
 
 B = {'L0A'
    'L0C'
    'L0BC01P003'
    'L01C0E'
    'L05C00P00L'};
 
C = {'L0A'
    'L0C'
    'L07C0B'
    'L05C00P00L'};
A = {A};B = {B}; C = {C}; % pour refléter la sortie de TEXTSCAN

Un peu de lecture: Tableaux de cellules

PS: Je ne vois toujours pas de boucle

[babynewton]

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clc
fid = fopen('planches_elac_A320_L96D_2038_1364.txt','r');
fib = fopen('non_simules_COM.txt','r');
fic = fopen('non_simules_MON.txt','r');
A = textscan(fid,'%s','delimiter','\n');
B = textscan(fib,'%s','delimiter','\n');
C = textscan(fic,'%s','delimiter','\n');
fclose(fid);
fclose(fib);
fclose(fic);
 
 
 
 
fik = fopen('shark.txt','w')  
for i = 1:length(B)   
    for j = 1:length(A)   
    fprintf(fik,'%s\n',B{i}); 
    fprintf(fid,'%s\n',A{j});  
    end  
end
 
if 
    K = strncmp(B{i},A{j},n)
 
   skip = true
 
   otherwise
            skip = false;
end
 
if ~skip

Voila ou j'en suis rendu aujourd'hui avec l'aide de Caro-line mais maintenant je bloque encore pour la comparaison.

Merci