Discussion :

[Nifaste]

Bonjour à tous,

J'ai un fichier ressemblant à :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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1	C	446.91	218.86	8	0
2	G	419.50	223.57	0	0
3	A	393.68	233.88	0	0
4	A	370.56	249.35	9	0
5	T	348.14	268.84	1	16
6	C	300.19	245.26	0	15
7	C	252.25	221.68	0	14
8	A	204.30	198.10	2	13
9	G	159.73	144.71	0	0
10	C	111.95	155.20	0	0
.
.
.
25      T       442.18  912.28  2       31
26      C       405.45  972.69  0       0
27      T       425.53  1018.09 0       0
28      G       471.84  1036.00 0       0
29      G       517.24  1015.92 0       0
30      C       535.15  969.61  0       0
31      A       495.59  911.01  3       25
32      G       494.33  857.59  0       24
.
.
.

et je souhaire récuperer les lignes 26 à 32 et la colonne 5. J'ai donc fait ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
open FICHIER,"< 1-nos-RA-1.ct.ss" or die "Le fichier n'existe pas !";
open WRITER,"> test.txt" or die "Le fichier ne peut être édité !\n";
 
my $i=0;
my @cols;
while (my $ligne = <FICHIER>){
	if($i==25 || $i==26 || $i==27 || $i==28 || $i==29 || $i==30 || $i==31){
		@cols = split(/\t/, $ligne);			
		my @value= split(' ',$cols[5]);
			print "$value[0]\n";	
 
 
	}
	$i++
}
close FICHIER;
close WRITER;

Mais cela ne fonctionne pas, car il ne me retourne pas $value[0] (donc 0 dans ce cas) mais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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0
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quelqu'un pourrait me dire d'où vient mon erreur ?

Merci d'avance !

[zanker]

Bonjour,

l'exposé de ton problème n'est pas clair sur ce que tu veux obtenir !
Ton code est correct et correspond à ce qu'il doit afficher.
Tu as une boucle qui affiche la valeur de la 5ème colonne pour les lignes n°26 à 32.

Qu'attends-tu comme résultat ? Soit plus précis.

[Nifaste]

et bien je veux la premiere valeur de ma colonne 5 ....

[zanker]

Et bien, il te suffit de remplacer ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if($i==25 || $i==26 || $i==27 || $i==28 || $i==29 || $i==30 || $i==31){
	@cols = split(/\t/, $ligne);			
	my @value= split(' ',$cols[5]);
	print "$value[0]\n";	
}

par ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if($i==25)
{	@cols = split(/\t/, $ligne);			
	my @value= split(' ',$cols[5]);
	print "$value[0]\n";	
}

ou plus simple encore:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if($i==25)
{	@cols = split(/\t/, $ligne);			
	print "$cols[5]\n";	
	last;
}

[Nifaste]

merci cela fonctionne mais en fait, je pensais récuperer chacune des valeurs des lignes 25 à 32 car je dois les comparer et faire quelque chose si elles sont toutes égales à 0 .... comment puis je m'y prendre ?
Je pensais à creer un tableau avec les valeurs :
@value = [0,0,0,0,24,25] et regarder si les valeurs sont = ... mais je n'y arrive pas ...

[zanker]

merci cela fonctionne mais en fait, je pensais récuperer chacune des valeurs des lignes 25 à 32 car je dois les comparer et faire quelque chose si elles sont toutes égales à 0 .... comment puis je m'y prendre ?

Pour le bloc "if", il faut le remplacer par:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @values; # Contiendra toutes les valeurs de la colonne n°5 des lignes 25 à 32
if($i==25 || $i==26 || $i==27 || $i==28 || $i==29 || $i==30 || $i==31){
	@cols = split(/\t/, $ligne);			
	push(@values, $cols[5]);
 
}
print "$values[0]\n"; # Affiche la première valeur de la colonne 5 donc de la ligne n°25
 
# Ici traiter les valeurs de la colonne n°5 qui sont conservés dans la variable tableau @values
# $values[0], $values[1] ... etc

[Nifaste]

merci beaucoup pour ton aide ! je ne connaissais pas "push"