statistiques sur les lignes et colonnes d'un fichier

**ericbareke** · 13/03/2006, 15h02

Je suis confronté à un problème difficile à résoudre pour moi.

Je désire lire un fichier se présentant comme suit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
4
5
 
PPQ   RTR   TRR   PPQ   QTT   RTP   TQQ   - - -    - - -   - - -
PRQ   RPR   TTP   PPQ   QTT   RPP   TQP    PPQ    RRT   PQQ
RQQ   PTR   TTQ   PPQ   QRT  RPP    TQT   TTR    - - -   - - -
____  ___    ___   ___    ___   __     ___    ___    ____  ____

En supposant que le nombre de lignes et de caractères varie selon le fichier et que le nombre de caractères peut varier sur différentes lignes, j'aimerais écrire un script qui réçoit comme paramètre le nom du fichier,

*subdivise chaque ligne en triplets successifs,
*calcule le nombre de P,R,T,Q sur chaque colonne,
*fasse de même pour chaque colonne-triplet

Tout en considérant la variabilité du nombre de lignes et de colonnes et que les seuls caractères possibles dans le fichier sont 4 (P,Q,R,T)

**djibril** · 13/03/2006, 16h04

bah une solution, t'essaye

et on t'aidera.
Mais des solutions toute faite, pas sur ce forum. Tu peux lire la FAQ dans ma signature et les cours de GLDavid, ça t'aidera.
Petite piste (regarde coté lecture de fichiers et expressions regulieres, etc)

**ericbareke** · 13/03/2006, 16h49

Voici le code que j'arrive à faire. Mon idée serait d'aligner toutes les lignes reccueillies grâce à ce script et les récupérer sous forme de tableau afin d'effectuer les statistiques voulues sur les colonnes et les colonnes-triplets.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open IN, $fastafilename or die "Could not read $fastafilename
"; 
while(defined(my $line=<IN>)) 
{ 
$line=~tr/
//d; 
if($line=~/^>/) 
{ 
$header=$line; 
} 
else 
{ 
$seq.=$line; 
} 
 
}

C'est un fichier de format fasta que ke voulais lire.
Etant donné sa structure, je voulais juste isoler chaque unité précédée de ">" et la considérer comme une ligne à part, afin de pouvoir les comparer.