Discussion :

[alaninho]

Bonjour,

lorsque je lance mon programme, j'ai cette erreur et je ne sais pas comment la résoudre.

j'aimerai lire le fichier d'un blast.

Merci

Alaninho

[Beniou]

Bonjour,

Sans code à l'appui qui donne cette erreur, cela va être difficile de répondre à ton problème...

[alaninho]

désolé, je pensais l'avoir mis, le voici :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
 
#!/usr/bin/perl -w
 
use Bio::SearchIO;
 
 
sub filtre_blast {
	$in=Bio::SearchIO(-format=>'blast', -file=>"out_blast.txt");
	while($result=$in->next_result){
		while($hit=$result->next_hit){
			while($hsp=$hit->next_hsp){
				next if($hsp->length('total')>100);
				next if($hsp->percent_identity>80);
				next if($hsp->evalue<0.05);
				print $result->query_name."\t".$hsp->start('query')."\t".$hsp->end('query')."\n";
			}
		}
	}
}
 
filtre_blast();

[Beniou]

Bio::SearchIO est le module.

Pour lire ton fasta tu dois utiliser la méthode new de ce module:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
$in=Bio::SearchIO->new(-format=>'blast', -file=>"out_blast.txt");