Discussion :

[Prisonale]

Bonjour,

Je suis nouveau sur le forum. je m'y suis inscrit car je suis chargé de faire une fonction R dans le cadre d'un travail académique. Le problème c'est que je n'ai jamais fait d'informatique et encore moins de programmation statistique avec R (je termine une formation de biologiste).

Je ne suis d'ailleurs pas obligé d'utiliser R pour ce travail mais c'est la manière la plus pratique d'arriver à des résultats. J'ai quand même suivi quelque cours et je sais faire les taches basiques. Cela dis je viens ici pour trouver des gens qui pourront m'aider dans mon travail.

Voici la base de données: http://icampus.uclouvain.be/clarolin...dReq=LSTAT2020

A partir de ça je dois faire une fonction qui effectue des analyses descriptives.

Donc voilà, j'ai déjà un problème en ce qui concerne l'importation du fichier dans R. Lorsque je rentre la ligne de code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

coralreefs=read.table("Z:/tp stat/R/coralreefs.txt",header=TRUE)

R me met:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Erreur dans scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
  la ligne 1 n'avait pas 6 éléments

Je pense que c'est dû aux séparateurs du fichier txt. qui ne sont pas pris en compte dans la ligne de code mais je ne sais pas quel argument utiliser (sep peut-être?) ni comment.

Voilà merci à ceux qui m'aideront tout au long de ce travail (très court mais difficile pour un non-initié). Je vous mets les instructions du travail au cas où un des éléments serait utile pour répondre à mes futures questions. Cela dit, loin de moi l'idée de ne pas prendre les devants. J'essayerais toujours de résoudre les problèmes par moi-même avant de vous demander un conseil si je bloque sur une ligne.

Les fichiers que votre fonction doit pouvoir traiter contiennent tous des mesures des variables
Country : Le nom du pays ou de l’île
Region : La région du monde (1 : Pacic, 2 : Americas, 3 : Oceania, 4 : Middle East, 5 : Asia, 6 : Africa)
Number of reef fish species : Le nombre d'espèces de poisson coralliennes répertoriées
Number of coral species : Le nombre d'espèces de corail répertoriées
Percentage of Reef at risk : Le pourcentage de récifs en danger (%)
Risk for reef : Le risque pour le récif corallien (1 : low, 2 : high)
GDP : Le produit intérieur brut par habitant et par an (en dollars)
Economic health : La santé économique (1 : low, 2 : medium, 3 : high)

Les fichiers à traiter sont susceptibles de contenir en outre un certain nombre de variables supplémentaires -auxquelles vous ne vous intéressez pas -, parmi lesquelles :
Number of mangrove fish species : Le nombre d'espèces de poissons répertoriées dans la mangrove
Marine Area : La surface marine (en km2)
Coastline : La longueur de la côte (en km)
Land Area : La surface de terre (en km2)
Reef Area : La surface de récif de corail (en km2)
Mangrove area : La surface de mangrove (en km2)
Population : La population
Percentage of coastal population : Pourcentage de la population habitant sur la côte (%)
Fish consumption : Consommation de poisson (en kg) par habitant et par an.

L'ordre des colonnes correspondant aux différentes variables présentes dans le fichier peut varier d'un fichier à l'autre. Toutes les variables sont identifiées par leur nom, tel qu'indiqué ci-dessus, en première ligne du fichier.

Le délimiteur (séparant les différents champs du fichier) et le symbole décimal (',' ou '.') peuvent varier en fonction du fichier à lire et devra donc être passé en argument de la fonction.
Le premier fichier sur lequel vous êtes invité à tester votre fonction est le fichier CoralReefs.txt.

Afin que vous puissiez varier la généralité de votre fonction, un second fichier vous est fourni, CoralReefsTest.txt, auquel vous devrez pouvoir "galement appliquer votre fonction.
Votre fonction devra pouvoir écrire les résultats de type texte dans un fichier texte et sauvegarder les résultats de type graphique dans un fichier pdf. Le détail des résultats textes et graphiques demandés est précisé dans la section suivante, ainsi que la valeur que doit renvoyer la fonction.
La mise en page des résultats texte et graphique devra être la plus proche possible de celle donnée en exemple (lorsque la fonction est appliquée au fichier CoralReefs.txt ).

Description de la fonction à écrire
Nom de la fonction à écrire : MiseEnContexte
Arguments de la fonction :
path : le chemin d'accès au fichier (le répertoire)
lename : le nom du fichier de données (type txt)
dlm : le délimiteur à utiliser pour la lecture du fichier
top : le nombre de lignes à ignorer au début du fichier
symbdec : symbole décimal à utiliser pour la lecture du fichier susmentionné
export : un scalaire valant 0 si les résultats doivent être affichés à l'écran et 1 si les résultats doivent être imprimés dans des fichiers
Tle : Nom du fichier texte où seront mis les résultats de type texte
Gle : Nom du fichier graphique (type pdf ) où seront mis les résultats de type graphique

NB : le fichier des données contient les noms des variables dans la cinquième rangée. Ces noms de variables doivent figurer comme noms de colonnes dans l'objet (data.frame) en R qui est créé par la lecture. Les premières quatre rangées sont de l'information par rapport au système utilisé pour créer le fichier des données. Ces rangées ne nous intèressent pas et vous devez les ignorer.

Taches que la fonction doit réaliser :

1. Lire le fichier de données
2. Écrire une table du nombre de pays (ou îles) répertoriés par région. Les régions doivent être indiquées par ordre décroissant du nombre de pays répertoriés.
3. Repérer les régions où moins de 10 pays sont répertoriés. Dans la suite, on ne calculera pas de statistiques par région pour ces pays (et pas de graphiques par région non plus).
   De même, on ne calculera pas de statistiques par région pour les pays pour lesquels la région est manquante (et pas de graphiques par région non plus).
4. Ecrire une table de statistiques descriptives par région. Cette table reprend les valeurs des moyennes, écarts-types, minimums et maximums des nombres d'espèces de poissons vivants dans les récifs coralliens et nombre d'espèces de corail. Ces valeurs sont arrondies à la deuxième décimale. Si des valeurs sont manquantes, elles doivent être exclues des statistiques.
5. Écrire une table croisée de la santé économique de la région (rangées) et du risque pour le corail (colonnes) en pourcentage par rangée, arrondi à la deuxième décimale.
6. Créer une figure comprenant deux graphiques cote à cote, avec le titre général, Liens entre les poissons des récifs coraliens et les situations économiques régionales.
   Le premier graphique est un ensemble de boxplots du nombre d'espèces de poisson dans les récifs coralliens en fonction de la santé économique (bonne d'un côté, moyenne ou faible de l'autre) et de la région.
   Le second graphique est un ensemble de deux droites de régression linéaire du PIB en fonction du nombre d'espèces de poissons des récifs coralliens, l'une des régressions concernant les pays (ou les îles) ayant une bonne santé économique, l'autre ceux qui ont une santé économique moyenne ou faible.

Valeur de la fonction : une liste comprenant les deux éléments suivants :

1. Stat.Descriptives : La table de statistiques descriptive créée au point (4) ci-dessus
2. Tableau.croisée : La table croisée du risque pour le corail et de la santé économique, créée au point (5) ci-dessus.

[A. D.]

Bonjour,

Tout d'abord, en ce qui concerne le chargement des données dans R, effectivement la fonction "read.table" possède un paramètre permettant de spécifier le séparateur de champs présent dans le fichier à charger : il s'agit du paramêtre sep .
Pour accéder à l'aide de la fonction :

Code :

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?read.table

Ensuite, je vous rappelle que bien que le forum ait pour vocation de permettre l'entraide, il n'a pas vocation à résoudre à votre place vos exercices ou vos projets.

Cela dit loin de moi l'idée de ne pas prendre les devants. J'essayerais toujours de résoudre les problèmes par moi-même avant de vous demander un conseil si je bloque sur une ligne.

Dans cette optique, je vous invite à venir poster le code que vous avez écrit (même s'il renvoie des erreurs) et vos éventuelles questions.

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[Prisonale]

Ensuite, je vous rappelle que bien que le forum ait pour vocation de permettre l'entraide, il n'a pas vocation à résoudre à votre place vos exercices ou vos projets.

Oui c'est pour cela que j'ai mis mon (mauvais) code (je le remet avec sep en +):

Code :

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coralreefs=read.table("Z:/tp stat/R/coralreefs.txt",header=TRUE,sep="")

Voilà ce que j'obtiens en réponse:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
> CoralReefs=read.table("Z:/tp stat/R/CoralReefs.txt",header=TRUE,sep="")
Erreur dans scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
  la ligne 1 n'avait pas 6 éléments

Donc voilà j'ai du mal avec cet argument. En gros je dois tenir compte de la tabulation mais je ne sais pas comment.
Merci de vos encouragements

[pitipoisson]

Bonjour,

... (je termine une formation de biologiste).

Je ne suis d'ailleurs pas obligé d'utiliser R pour ce travail mais c'est la manière la plus pratique d'arriver à des résultats.

Bon choix à mon avis... R ne cesse de prendre de l'importance dans les sciences du vivant ! Ce que tu vas apprendre maintenant te servira certainement par la suite.

Pour ton premier problème - et comme il s'agit aussi d'un exercice pour toi - je te conseille d'aller voir les autres paramètres de la fonction read.table dans la page d'aide que t'a indiquée A.D. Un indice, dans ton cas, il y a un autre séparateur que tu dois également définir (mais ce n'est peut-être pas le seul problème).

Pour info, tu peux* également préciser que le séparateur de champs est la tabulation :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

..., sep="\t",...

Pour les aspects de création de fonction, je t'invite à consulter les tutoriels R et la FaQ sur DVP. Si des choses ne te paraissent pas claires, n'hésite pas alors à poser des questions ici.

Bon apprentissage.

Edit: lien tuto, mais pas de FaQ R à ce jour
En complément de ceux d'introduction, je te conseille tout particulièrement les "Bonnes pratiques" de Christophe Genolini.

* C'est même nécessaire car tu as des espaces dans les noms de pays !

[pitipoisson]

... (mais ce n'est peut-être pas le seul problème).

Effectivement !

Il faut également tenir compte du fait que tu as des lignes de commentaire en début de fichier. La réponse est également dans l'aide de la fonction.

[sebintokyo]

Bonjour,

Voila l'instruction pour obtenir un affichage propre de ton jeu de données

Code :

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z<-read.table("C:\\download.php.txt",sep="\t",dec=",",header=TRUE)

Veilles a changer le fichier texte pour que R ne considère pas les premières lignes comme ton HEADER mais comme des commentaires.
% est remplace par #.

Code :

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1
2
3
4
5
#Coral reefs and economic indicators
#Global survey
#
#data matic extraction 22 October 2011
#

Sinon R ne verra qu'une colonne.

Bonne continuation!

[pitipoisson]

Veilles a changer le fichier texte pour que R ne considère pas les premières lignes comme ton HEADER mais comme des commentaires.
% est remplace par #.

Ce n'est pas absolument nécessaire. La fonction read.table a un argument qui permet de contrôler le caractère de commentaire (mais je laisse à Prisonale la joie de trouver lequel).

[Prisonale]

ok merci beaucoup je testerai tout ça lundi car je serai très occupé ce w-e. je vous tiens au courant.

[Prisonale]

Ok, merci pour votre aide, j'ai presque fini la fonction. J'ai juste un problème pour faire un tableau avec deux graphiques côte à côte. Je préciserais l'aide dont j'ai besoin ce soir si je n'ai pas trouvé de piste d'ici là.

[hoccha]

Ok, merci pour votre aide, j'ai presque fini la fonction. J'ai juste un problème pour faire un tableau avec deux graphiques côte à côte. Je préciserais l'aide dont j'ai besoin ce soir si je n'ai pas trouvé de piste d'ici là.

Salut,

Pour mettre deux graphiques côte à côte, regarde les options graphiques de la commande par() via

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?par