L'outil qui fait ce que tu veux existe, il permet par exemple de fusionner des .exe, .dll.
Il s'appelle ILMerge
Pour l'utiliser en ligne de commande, il faut aller dans le répertoire bin release de ton projet .net et de tapper :
%PROGRAMFILES%\microsoft\ilmerge\ilmerge.exe /t:winexe /out:newfile.exe file1.exe file2.dll file3.dll
Newfile.exe c'est le nom du fichier unique fusionné que tu veux créer, et file1-3 sont les fichier que tu veux fusionner. file1 doit etre ton fichier exe principal. le parametre t est utilisé pour le type de sortie: exe pour les applications Console , winexe pour les Windows forms, librarys pour les DLL.
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