Discussion :

[jane40]

Bonjour à tous,

Je cherche dans 2 fichiers des informations, que je recopie dans un fichier résultat et ce, plusieurs fois. Mais le nombre d'informations (lignes) à recopier n'est pas le même à chaque fois, ce qui fait -il me semble- que je ne peux stocker les informations nulle part et que je dois les écrire au fur et à mesure.
Je n'ai pas trouvé comment faire avec write... Existe-t-il une commande qui permette de faire cela ?

Voici le code que j'ai écris pour le moment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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donnees_hm1_gene=donnees_hm1_gene[,c(1,6:10)]
donnees_initiales=donnees_initiales[,c(1,8,9,10,13,14)] 
 
for (i in 1:length(donnees_hm1_gene) )
{
ind=grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1]))
}
 
a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )
 
write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

Avec le résultat obtenu dans le fichier résultat pour 2 itérations :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_180390	0.285594	103.004	5.88795	0	yes
EHI_180390.ref	0.28377	100.327	5.86803	0	yes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_070680	0.576131	1192.2	7.63498	0	yes
EHI_070680.alt1	0.253142	0.676848	0.983497	0.362647	no
EHI_070680.ref	0.352009	1204.61	8.13801	0	yes

Je souhaite écrire ces deux résultats à la suite, dans un seul fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_180390	0.285594	103.004	5.88795	0	yes
EHI_180390.ref	0.28377	100.327	5.86803	0	yes
EHI_070680	0.576131	1192.2	7.63498	0	yes
EHI_070680.alt1	0.253142	0.676848	0.983497	0.362647	no
EHI_070680.ref	0.352009	1204.61	8.13801	0	yes

Voyez-vous une solution ?
Merci

[A. D.]

Bonjour,

Je ne suis pas bien sûre de comprendre ce que vous souhaitez faire... Cependant, si les éléments que vous concaténez avec un "rbind" ont le même nombre de colonnes, normalement il n'y aura pas de problème pour les écrire ensuite dans un fichier à l'aide de la commande "write.table".

A première vue comme ça, il me semble que le problème viendrait plutôt de votre boucle. En effet, à chaque passage dans la boucle, j'ai l'impression que vous écrasez le contenu de "ind" et non que vous le concaténez, comme c'est ce qu'il me semble que vous souhaitez faire.
Est-ce que ceci fonctionne mieux :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ind<-NULL
 
for (i in 1:length(donnees_hm1_gene) )
{
    ind<-c( ind , grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1])) )
}
 
a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )
 
write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[jane40]

Merci pour votre réponse.
Ceci ne correspond pas tout à fait à ce que je veux faire. Je suis d'accord qu'ainsi je peux sauvegarder les indices des lignes que je veux conserver dans un seul (et non les 2) de mes fichiers.

Mais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )

ne me permet pas de conserver l'information sur l'endroit où insérer les lignes du premier fichier...

Voici ce que contiennent mes fichiers :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> head(donnees_hm1_gene)
     test_id   value_1   value_2 ln.fold_change.   q_value significant
1 EHI_039600 0.0000000   13.9942    1.79769e+308 0.0367975         yes
2 EHI_067090 0.3198120 1095.5300     8.13901e+00 0.0000000         yes
3 EHI_039590 0.0602808  187.7370     8.04378e+00 0.0000000         yes
4 EHI_070680 0.5761310 1192.2000     7.63498e+00 0.0000000         yes
5 EHI_098200 1.3283900  480.0840     5.88999e+00 0.0000000         yes
6 EHI_180390 0.2855940  103.0040     5.88795e+00 0.0000000         yes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> head(donnees_initiales)
          test_id    value_1     value_2 ln.fold_change.  q_value significant
1  EHI_000010.ref   17.59890   37.236400       0.7494500 0.276241          no
2 EHI_000130.alt1    3.66554    0.841157      -1.4719500 0.249410          no
3  EHI_000130.ref 2258.98000  951.299000      -0.8648400 0.174267          no
4  EHI_000240.ref 1126.15000 1170.940000       0.0390003 0.968965          no
5  EHI_000250.ref  281.51100  175.768000      -0.4710080 0.436076          no
6 EHI_000290.alt1    1.64985    2.792290       0.5261810 0.563960          no

Je souhaite récupérer les lignes dans "donnees_initiales" qui correspondent à chaque ligne dans donnees_hm1_gene et les afficher à la suite pour regrouper les informations.

Le fichier sera donc de la sorte :
1 ligne de donnees_hm1_gene.
2lignes de donnees_initiales
1 ligne de donnees_hm1_gene.
1 ligne de donnees_initiales
1 ligne de donnees_hm1_gene.
3lignes de donnees_initiales
...
Sans savoir à l'avance combien il y aura de lignes dans donnees_hm1_gene

Comme dans cet exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_180390	0.285594	103.004	5.88795	0	yes (fichier donnees_hm1_gene)
EHI_180390.ref	0.28377	100.327	5.86803	0	yes (fichier donnees_initiales)
EHI_070680	0.576131	1192.2	7.63498	0	yes (fichier donnees_hm1_gene)
EHI_070680.alt1	0.253142	0.676848	0.983497	0.362647	no (fichier donnees_initiales)
EHI_070680.ref	0.352009	1204.61	8.13801	0	yes (fichier donnees_initiales)

[pitipoisson]

Bonjour,

Il faut alors que tu fasses les rbind dans la boucle... en stockant le résultat intermédiaire dans une data.frame, bien entendu.

Il doit également y avoir une option append à write.table.

[jane40]

Oui, merci, je n'avais pas vu que append permet d'écrire à la suite d'un fichier. J'ai obtenu ce que je voulais :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_039600	0	13.9942	1.79769e+308	0.0367975	yes
EHI_039600.ref	0	13.2368	1.79769e+308	0.0422989	yes
test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_039600	0	13.9942	1.79769e+308	0.0367975	yes
EHI_039600.ref	0	13.2368	1.79769e+308	0.0422989	yes
test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_039590	0.0602808	187.737	8.04378	0	yes
EHI_039590.ref	0.0690348	187.645	7.9077	0	yes
test_id	value_1	value_2	ln.fold_change.	q_value	significant
EHI_070680	0.576131	1192.2	7.63498	0	yes
EHI_070680.alt1	0.253142	0.676848	0.983497	0.362647	no
EHI_070680.ref	0.352009	1204.61	8.13801	0	yes

avec ce code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for (i in 1:dim(donnees_hm1_gene)[1] )
{
ind=grep(gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]),gsub(" ","",donnees_initiales[,1]))
a_ecrire=rbind(donnees_hm1_gene[i,], donnees_initiales[ind,] )
 
write.table(a_ecrire,file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",append=TRUE,sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
}

[pitipoisson]

Pour compléter, voici ce que ça peux donner en code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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tmp <- data.frame()
 
for (i in 1:nrow(donnees_hm1_gene) )
{
    ind <- grep(paste("^", gsub(" ","",donnees_hm1_gene[i,1]), "\\.", sep=""),
                gsub(" ","",donnees_initiales[,1]))
 
    tmp <- rbind(tmp,
                 rbind(donnees_hm1_gene[i,],
                       donnees_initiales[ind,]))
}

J'ai également ajouté davantage de contrôle sur l'expression régulière (dans le grep) :

• "^" pour forcer l'ancrage en début de ligne.
• "\\." pour que le motif soit obligatoirement suivi d'un point.

Ceci afin d'éviter des problèmes lorsqu'un identifiant de

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

donnees_hm1_gene[,1]

est un sous-motif d'un autre identifiant (à toi de voir si c'est nécessaire).

Il est probablement possible de faire plus efficace (je pense à un do.call() sur le résultat d'un sapply notamment). Mais ça demande un peu plus de réflexion.

[pitipoisson]

Si tu t'orientes vers la solution que tu as postée, je te conseille

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
write.table(a_ecrire, file="Code/analyse_diff_iso/resume_up.txt",
            append=ifelse(i==1, FALSE, TRUE),
            sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
...

Pour éviter de te retrouver avec plusieurs fois la même chose dans ton fichier si tu relances le script.

[pitipoisson]

Il est probablement possible de faire plus efficace (je pense à un do.call() sur le résultat d'un sapply notamment). Mais ça demande un peu plus de réflexion.

...mais c'est moins évident à comprendre.

Aller, je le donne pour info :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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do.call(rbind,
        lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene),
               function(i, init, hm1)
           {
               return(rbind(hm1[i,],
                            init[grep(paste("^", gsub(" ","",hm1[i, 1]), "\\.", sep=""),
                                      gsub(" ","",init[ , 1])),
                                 ]))
           },
               init=donnees_initiales,
               hm1=donnees_hm1_gene))

Je te laisses la joie de décomposer le bousin, mais n'hésite pas si tu as des questions.

[jane40]

Si tu t'orientes vers la solution que tu as postée, je te conseille

Pour éviter de te retrouver avec plusieurs fois la même chose dans ton fichier si tu relances le script.

Effectivement, j'ai eu ce problème ! Merci pour la solution !

[jane40]

...mais c'est moins évident à comprendre.

Aller, je le donne pour info :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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do.call(rbind,
        lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene),
               function(i, init, hm1)
           {
               return(rbind(hm1[i,],
                            init[grep(paste("^", gsub(" ","",hm1[i, 1]), "\\.", sep=""),
                                      gsub(" ","",init[ , 1])),
                                 ]))
           },
               init=donnees_initiales,
               hm1=donnees_hm1_gene))

Je te laisses la joie de décomposer le bousin, mais n'hésite pas si tu as des questions.

J'ai décomposé le bousin :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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test=function(i, init, hm1)
{
return(rbind(hm1[i,],init[grep(gsub(" ","",hm1[i, 1]),gsub(" ","",init[ , 1])),]))
}
 
res_test=do.call(rbind,
        lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i) {test(i,init=d_initiales,hm1=d_hm1_gene)} )
)
 
write.table(res_test,file="Code/analyse_diff_iso/test_up.txt",sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)

Et j'ai à peu près compris
J'obtiens bien ce que je veux, de manière un peu plus rapide. Merci !

[pitipoisson]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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...
res_test=do.call(rbind,
        lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), function(i) {test(i,init=d_initiales,hm1=d_hm1_gene)} )
)
...

Histoire de prendre de bonnes habitudes avec la famille des apply, tu peux également l'écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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res_test <- do.call(rbind,
                    lapply(1:nrow(donnees_hm1_gene), 
                           FUN=test,                            ## Fonction à appliquer.
                           init=d_initiales, hm1=d_hm1_gene))   ## Arguments supplémentaires à passer à FUN.