[statnet/Network]Importer une matrice d'incidence valuée

**Filippo** · 24/08/2011, 18h16

Bonjour,
j'arrive à importer une matrice d'incidence "normale" avec le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Chargement fichier ASCII dans un tableau (MyTable)
MyTable<-read.delim(file="c:/FichierTexte.txt",sep="\t", header=FALSE);
 
# Chargement d'un objet réseau (net.mat) avec le tableau
net.mat<-as.network(as.matrix(MyTable),vertex.attr=NULL, vertex.attrnames=NULL, directed=TRUE,hyper=FALSE, loops=FALSE, multiple=FALSE, bipartite = FALSE,matrix.type="edgelist")

A partir d'un fichier de données brutes sans en-têtes, à autant de lignes que de sommets du graphe et à 2 colonnes, une qui contient la liste des sommets de départ, l'autre les sommets d'arrivée.

j'utilise enfin la fonction gplot pour afficher le graphe.
Tout fonctionne très bien.

Je souhaiterais maintenant pouvoir mettre les arêtes d'une certaine couleur (avec l'option edge.col) en fonction d'une valeur que je chargerais dans le graphe.

J'ai donc un fichier maintenant à 3 colonnes, les deux premières sont les mêmes que précédemment et la troisième indiquerait la couleur.

J'essaie de convertir la matrice en réseau avec la commande suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

net.mat<-as.network(as.matrix(MyTable),names.eval="V1 V2",vertex.attr=NULL, vertex.attrnames=NULL, directed=TRUE,hyper=FALSE, loops=FALSE, multiple=FALSE, bipartite = FALSE,matrix.type="edgelist")

mais j'obtiens l'erreur :

Erreur dans round(n) : Argument non numérique pour une fonction mathématique

Je n'arrive pas à trouver comment indiquer que les premières colonnes sont les noms des sommets qui composent l'arête et la troisième colonne un attribut supplémentaire des arêtes.

Quelqu'un sait-il comment on pourrait faire ?

Merci.

**pitipoisson** · 25/08/2011, 11h55

Bonjour,

Si tu lances

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

traceback()

après ton erreur, ça retourne quoi ?

**Filippo** · 25/08/2011, 12h07

Envoyé par pitipoisson

Bonjour,

Si tu lances

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

traceback()

après ton erreur, ça retourne quoi ?

Ca produit ce message :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3: network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, loops = loops, 
       multiple = multiple, bipartite = bipartite)
2: as.network.matrix(as.matrix(MyTable), names.eval = "V1 V2", vertex.attr = NULL, 
       vertex.attrnames = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
       loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, matrix.type = "edgelist")
1: as.network(as.matrix(MyTable), names.eval = "V1 V2", vertex.attr = NULL, 
       vertex.attrnames = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
       loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, matrix.type = "edgelist")

**pitipoisson** · 25/08/2011, 12h26

OK, maintenant il faudrait savoir ce que as.network.matrix passe comme argument n à la fonction network.initialize...
Et donc afficher le code de la fonction en tapant dans la console R :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> as.network.matrix

(sans les parenthèses !)

Si ça ne marche pas, essaie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

getAnywhere("as.network.matrix")

**Filippo** · 25/08/2011, 12h31

A priori la fonction network.initialize est appelée de cette façon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, 
        loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)

Voici le code renvoyé par la console :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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function (x, matrix.type = NULL, directed = TRUE, hyper = FALSE, 
    loops = FALSE, multiple = FALSE, bipartite = FALSE, ignore.eval = TRUE, 
    names.eval = NULL, na.rm = FALSE, edge.check = FALSE, ...) 
{
    nattr <- attr(x, "n")
    battr <- attr(x, "bipartite")
    vattr <- attr(x, "vnames")
    if (is.logical(x)) {
        x <- 1 * x
    }
    if (is.null(matrix.type)) 
        matrix.type <- which.matrix.type(x)
    else matrix.type <- match.arg(matrix.type, c("adjacency", 
        "incidence", "edgelist", "bipartite"))
    if (is.logical(bipartite) && bipartite) 
        matrix.type <- "bipartite"
    if ((bipartite > 0) && (matrix.type == "adjacency") && (NROW(x) == 
        bipartite)) 
        matrix.type <- "bipartite"
    unames <- NULL
    if (matrix.type == "edgelist") {
        if (dim(x)[2] > 2) 
            vals <- x[, -(1:2)]
        else vals <- NULL
        if (is.character(x <- as.matrix(x[, 1:2, drop = FALSE]))) {
            unames <- sort(unique(as.vector(x)))
            x <- cbind(match(x[, 1], unames), match(x[, 2], unames))
        }
        if (!is.null(vals)) 
            x <- cbind(x, vals)
    }
    if (matrix.type == "adjacency" && !is.null(colnames(x))) {
        unames <- colnames(x)
    }
    if (matrix.type == "bipartite") {
        directed <- FALSE
        bipartite <- dim(x)[1]
        unames <- 1:sum(dim(x))
        if (!is.null(rownames(x))) {
            unames[1:(dim(x)[1])] <- rownames(x)
        }
        if (!is.null(colnames(x))) {
            unames[(dim(x)[1]) + (1:(dim(x)[2]))] <- colnames(x)
        }
    }
    if (!is.null(vattr)) 
        unames <- vattr
    n <- switch(matrix.type, adjacency = dim(x)[1], incidence = dim(x)[1], 
        bipartite = sum(dim(x)), edgelist = max(x[, 1:2]), )
    if (is.numeric(nattr)) 
        n <- nattr
    if (is.numeric(battr)) 
        bipartite <- battr
    g <- network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper, 
        loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)
    g <- switch(matrix.type, adjacency = network.adjacency(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), incidence = network.incidence(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), bipartite = network.bipartite(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check), edgelist = network.edgelist(x, 
        g, ignore.eval, names.eval, na.rm, edge.check))
    if (!is.null(unames)) {
        g <- set.vertex.attribute(g, "vertex.names", unames)
    }
    g
}
<environment: namespace:network>

**pitipoisson** · 25/08/2011, 13h00

Et que te renvoient

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

attr(as.matrix(MyTable), "n")

et

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

attr(as.matrix(MyTable), "vnames")

?

On avance

**Filippo** · 25/08/2011, 13h02

Les deux commandes renvoient NULL

**pitipoisson** · 25/08/2011, 14h13

En fait, je pense que pour trouver d'où vient le problème, tu vas devoir exécuter le corps de la fonction (éventuellement pas à pas, en surveillant en particulier les changements dans les valeurs de matrix.type et n) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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## Initialisation des variables (paramètres) :
x <- as.matrix(MyTable)
 
names.eval = "V1 V2"
vertex.attr = NULL
vertex.attrnames = NULL
directed <- TRUE
hyper <- FALSE
loops <- FALSE
multiple <- FALSE
bipartite <- FALSE
matrix.type <- "edgelist"
 
## Corps de la fonction :
    nattr <- attr(x, "n")
    battr <- attr(x, "bipartite")
    vattr <- attr(x, "vnames")
    if (is.logical(x)) {
        x <- 1 * x
    }
    if (is.null(matrix.type))
        matrix.type <- which.matrix.type(x)
    else matrix.type <- match.arg(matrix.type, c("adjacency",
        "incidence", "edgelist", "bipartite"))
    if (is.logical(bipartite) && bipartite)
        matrix.type <- "bipartite"
    if ((bipartite > 0) && (matrix.type == "adjacency") && (NROW(x) ==
        bipartite))
        matrix.type <- "bipartite"
    unames <- NULL
    if (matrix.type == "edgelist") {
        if (dim(x)[2] > 2)
            vals <- x[, -(1:2)]
        else vals <- NULL
        if (is.character(x <- as.matrix(x[, 1:2, drop = FALSE]))) {
            unames <- sort(unique(as.vector(x)))
            x <- cbind(match(x[, 1], unames), match(x[, 2], unames))
        }
        if (!is.null(vals))
            x <- cbind(x, vals)
    }
    if (matrix.type == "adjacency" && !is.null(colnames(x))) {
        unames <- colnames(x)
    }
    if (matrix.type == "bipartite") {
        directed <- FALSE
        bipartite <- dim(x)[1]
        unames <- 1:sum(dim(x))
        if (!is.null(rownames(x))) {
            unames[1:(dim(x)[1])] <- rownames(x)
        }
        if (!is.null(colnames(x))) {
            unames[(dim(x)[1]) + (1:(dim(x)[2]))] <- colnames(x)
        }
    }
    if (!is.null(vattr))
        unames <- vattr
    n <- switch(matrix.type, adjacency = dim(x)[1], incidence = dim(x)[1],
                bipartite = sum(dim(x)), edgelist = max(x[, 1:2]), )
    if (is.numeric(nattr))
        n <- nattr
    if (is.numeric(battr))
        bipartite <- battr
 
print(n)
 
## Pour vérif :
    g <- network.initialize(n, directed = directed, hyper = hyper,
                            loops = loops, multiple = multiple, bipartite = bipartite)

Peut-être qu'un de tes paramètre n'est pas cohérent avec le reste...

**Filippo** · 25/08/2011, 14h25

Merci pitipoisson,
je débute en R, je vais essayer de trouver des exemples d’import de graphes valués sur le net. Je ne trouve pas les docs qu'on peut télécharger sur le site de R très compréhensibles par les débutants, il n'y a pas toujours la liste exhaustive des paramètres et peu d'exemples.

Je posterai quand je trouverai une solution.

P.S.

Là j'ai trouvé un exemple sur ce site : http://stackoverflow.com/questions/1...work-data-in-r

J'arrive bien à construire le réseau à partir des 2 premières colonnes de la matrice :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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MyTable<-read.delim(file="C:/FichiersTexte/Fichier.txt",sep="\t", header=FALSE);
 
net = network(MyTable[,1:2])

Mais la commande qui ajoute l'attribut de pondération :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

set.edge.attribute(net,"weight",MyTable[,3])

Me renvoie le message :

Erreur dans set.edge.attribute(net, "weight", MyTable[, 3]) :
Not a graph object

J'ai aussi essayé en utilisant le code suivant pour construire le réseau :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

net<-as.network(as.matrix(MyTable[,1:2]))

Là je dois bien avoir un objet réseau comme résultat. Cette ligne fonctionne bien mais j'ai toujours le même message au moment d'ajouter la propriété "weight".

**Filippo** · 25/08/2011, 15h24

Grâce au lien suivant : http://www.r-bloggers.com/namespaces...ame-conflicts/ j'ai pensé qu'il y avait certainement un conflit de noms.

J'ai fermé R, je l'ai réouvert, je n'ai pas chargé la bibliothèque igraph, uniquement statnet.

En tâtonnant un peu j'ai finalement trouvé le code suivant qui fonctionne bien.

Donc j'ai au départ une matrice d'incidence à 3 colonnes : 1 colonne pour le sommet de départ, une pour celui d'arrivée, une dernirèe colonne pour la valuation de l'arête.

Je crée un réseau à partir des 2 première colonnes de la matrice et je me sers de la troisième pour définir un attribut "weight".

Dans gplot, je récupère la valeur de cet attribut pour dimensionner l'épaisseur des arêtes en fonction de cet attribut weight.

Voilà le code qui fonctionne bien pour ceux que ça intéresse :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Chargement de la bibliothèque statnet
library(statnet)
 
# Effacement objets
rm(list=ls(all=TRUE))
 
# Chargement fichier ASCII dans un tableau (MyTable)
MyTable<-read.delim(file="C:/FichiersTexte/listeIncidences.txt",sep="\t", header=FALSE);
 
# Chargement dans un objet network des 2 premières colonnes du tableau MyTable en tant que matrice d'adjacence
net = network(MyTable[,1:2])
 
# Ajout d'un attribut "weight" à chaque arête du réseau
# Les valeurs des poids sont à lire en 3ème colonne du tableau MyTable
set.edge.attribute(net,"weight",MyTable[,3])
 
# Cartographie du réseau
gplot(net,
	label=network.vertex.names(net),
	gmode="digraph",
	diag=TRUE,
	thresh=0,
	displayisolates=FALSE,
	boxed.labels=FALSE,
	label.col="blue",
	label.pos=0,
	label.cex=0.85,
	vertex.cex=1,
	edge.lwd=get.edge.value(net,"weight"),
	main="Cartographie - Algorithme de Fruchterman et Reingold",
	mode="fruchtermanreingold",
	interactive=TRUE
	)

[statnet/Network]Importer une matrice d'incidence valuée

R

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