Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


%liste_acc est un hash de array.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $name ( keys %liste_acc ){
 
	if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){
 
	}

pourquoi ce code renvoie-t-il une erreur?

Global symbol "@liste_acc" requires explicit package name at GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl line 77.

Merci,

[arm3366]

est ce que c'est pas plutôt un problème de visibilité de variable, c'est à dire que tu chercher à utiliser une variable qui n'est pas globale dans une fonction où elle n'est pas definei???

[Jasmine80]

Merci, mais non, ce n'est pas ça. Mon tableau est déclaré en début de script avant toute entrée dans un bloc.

Voici le script qui fonctionne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::GenBank;
use FileHandle;
 
 
#----------------------------- Programme GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl:
 
 
 
 
 
my $rep = 'P:/Theorie/Driss/GB_consensus';
 
my $data_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/GB_data2.txt');
my $all_seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/all_seq2.txt');
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
 
open my $in_file_fh, '<', $rep.'/sequences2/data.txt' or die;
 
 
my (%liste_acc, %liste_seq );
 
 
 
=h
 
structure des 2 hashes
-----------------------
 
my %liste_acc = ( 
			'39S_ribosomal_protein_L52' => ['NM_178336', 'NM_180982', 'NM_181304', 'NM_181305', 'NM_181306', 'NM_181307'],
			'ADP-ribosylation_factor-like_protein_1' => ['NM_001177'],
			'fibronectin_isoform_3_preproprotein' => ['NM_002026', 'NM_054034', 'NM_212474', 'NM_212475', 'NM_212476', 'NM_212478', 'NM_212482'],
			'EIF2A' => ['NM_032025'],
);
 
 
my %liste_seq = ( 
			'39S_ribosomal_protein_L52' => 'agtggcgactacagcagggactg..caataaa',
			'ADP-ribosylation_factor-like_protein_1' => 'ctttccaaagattagactcagtatgagagtaggtgaggaacatagtttgtgtaa..tactat',
			'fibronectin_isoform_3_preproprotein' => 'gaacgacacattccacaagcgtcatgaag..accac',
);
=cut
 
 
 
while (my $line = <$in_file_fh> ){
 
	my ($name, $target_seq, $acc) = split (/\s*\t\s*/, $line);
 
	$name =~ s/^\s//;
	$name =~ s/\s/_/g;
	$name =~ s/[^-\w]/_/g;
 
	push (@{$liste_acc{$name}}, $acc);
	$liste_seq{$name} = $target_seq;
 
}
 
close $in_file_fh;
 
 
 
 
 
foreach my $name ( keys %liste_acc ){
 
	my $seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/'.$name.'.txt');
 
	print $seq_file ">${name}_RefSeq\n$liste_seq{$name}\n";
 
	foreach my $acc ( @{$liste_acc{$name}} ){
 
		eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
 
		if ($@) {
			print "ERREUR $acc ($name)\n";
		}
 
		else{
 
			my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);    
			my $description = $info->desc();  
			my $seq = $info->seq();  
 
			print $data_file "$name\t$acc\t$description\n";
			print $seq_file ">$acc\n$seq\n";
			print $all_seq_file ">${name}_$acc\n$seq\n";
		}
 
	}
 
}

Je voudrais que la ligne 77 ne s’exécute que si @{$liste_acc{$name}} contienne plus d'un élément

[Dimitry.e]

Ce devrait pourtant fonctionner.
As-tu d'autres erreurs ?

Pourrais-tu donner le code exact que tu as tenté de compiler ?

[Jasmine80]

Ah oui, c'est étrange, aujourd'hui ça fonctionne : voici le code qui me posait l'erreur :

Code :

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foreach my $name ( keys %liste_acc ){
 
	my $seq_file = FileHandle->new ('>'.$rep.'/'.$name.'.txt');
 
 
 
	if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){
		print $seq_file ">${name}_RefSeq\n$liste_seq{$name}\n";
	}
 
=h
	foreach my $acc ( @{$liste_acc{$name}} ){
 
		eval { $gb->get_Seq_by_acc($acc) };
 
		if ($@) {
			print "ERREUR $acc ($name)\n";
		}
 
		else{
 
			my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);    
			my $description = $info->desc();  
			my $seq = $info->seq();  
 
			print $data_file "$name\t$acc\t$description\n";
			print $seq_file ">$acc\n$seq\n";
			print $all_seq_file ">${name}_$acc\n$seq\n";
		}
 
	}
=cut
}

... peut-être avais-je une parenthèse ouvrante ou fermante ou un point-virgule trainant dans le bas du script car j'avais utiliser (=h/=cut) provisoirement dans le but de vérifier le bloc if ($#{$liste_acc{$name}} > 0){...} sans que la suite (qui prend du temps) ne s'exécute. Je pensais que l'erreur venait du if vu le message de l'éditeur (Global symbol "@liste_acc" requires explicit package name at GB_AccFile_to_FastaFile_boucle.pl line 77. )

Bref, merci à ceux qui ont essayé de m'aider.