Discussion :

[F.Salenko]

Bonjour je souhaiterais faire un Grep sur plusieurs chaines de cractères (comme le titre l'indique) :

Voila ce que je fais habituellement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
grep chaineA TargetFile.seq >> C:/PuTTy/Fichier_A_traiter.seq

Mais je voudrais également extraire les lignes chaineB, chaineC, chaineD, etc.

Auriez vous une astuce pour cela ou dois-je faire l'extraction ligne par ligne ?

Merci.

[frp31]

il y a une option à grep pour ça et un racourci egrep qui le fait nativement aussi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
grep -ie "chaineA|chaineB|chaineC" fichier

[F.Salenko]

Merci pour la réponse frp31

Aucun résultat avec cette manière de procéder.
En revanche, cela fonctionne bien avec cette méthode :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grep -ie "chaineA" fichier

[zipe31]

Salut,

C'est soit grep -iE soit egrep -i

[F.Salenko]

Je travaille sur des fichiers zippés en .bz2
Donc je n'utilise pas le fonction grep à proprement parler mais bzgrep (qui fait strictement la même chose)

Juste pour dire qu'avec le majuscule cela foncitonne, merci bien !