Discussion :

[nathalie02]

Bonjour à toutes et à tous.

Je voudrais, à partir d'un fichier .cvs, générer une heapmap.
Actuellement, j'ai réalisé toutes mes heatmaps sans problème en niveau de gris.
Hors, lorsque j'essaye de les réaliser en couleur via la fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

heatM <- heatmap(mat, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", margins=c(5,10))

Je m'aperçois que les couleurs sont "inversées".

Pour mieux vous représenter ce que je veux dire, je vous joins une de mes heatmaps.

En fait, ce que je voudrais avoir est, pour le bas de la heatmap, une première colonne "foncée" (-> rouge), la deuxième claire (-> jaune), la troisième foncée (-> rouge), etc.
Naturellement quand je parle de "rouge" et "jaune" je veux dire "avec toutes les nuances de couleurs entres les deux (jaune pâle, jaune, jaune-orangé, etc.). Je voudrais faire cela car sinon, ma heatmap ne me donne pas un résultat concordant avec mes données.

En niveau de gris, j'ai effectivement "noir, "blanc "noir", etc. et pour le coup, c'est cohérent avec mes données.

Pourquoi n'ai-je pas le même rendu en couleur ?

Merci d'avance pour vos conseils/réponses !

Nath

[dev_ggy]

Bonjour Nathalie,

Si tu passes par un paramètre comme par exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

col = 15:1

dans ta fonction

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

heatM <- heatmap(mat, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", col = 15:1, margins=c(5,10))

Cela ne peut-il pas t'aider ?

Pour le choix des couleurs, si tu veux un dégradé, tu as la fonction rainbow. Cela sera plus joli que le code que je viens de te donner.

Cordialement.

[nathalie02]

Merci beaucoup pour ta réponse.

Sans utiliser rainbow mais en utilisant seulement le bout de code que tu m'as donné j'ai effectivement une bande foncée, puis une claire, etc. donc c'est super.
Mais j'ai plein de couleurs autre que le jaune et rouge, comme du mauve, du noir, etc. et ce n'est pas très joli.

Comment puis-je utiliser "rainbow" pour n'avoir que des nuances de couleurs variant entre jaune et rouge ?

Nath

[dev_ggy]

par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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rc <- rainbow(nrow(x), start=1, end=.3, alpha = 0.5)
heatM <- heatmap(mat, Rowv=NA, Colv=NA, scale="none", col = rc, margins=c(5,10))

Après tu peux regarder l'aide:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?rainbow

[nathalie02]

Merci encore.

Malheureusement, l'utilisation de cette fonction me renvoie au même problème, à savoir que ma 1ère bande est claire, tandis que la seconde est foncée, alors que c'est le contraire que je souhaiterais...

[lilly74]

Merci encore.

Malheureusement, l'utilisation de cette fonction me renvoie au même problème, à savoir que ma 1ère bande est claire, tandis que la seconde est foncée, alors que c'est le contraire que je souhaiterais...

Bonjour,
j'ai du mal à reproduire votre problème: pourriez-vous nous donner un extrait de votre jeu de données pour que nous puissions reproduire les codes ?

Sinon, à partir de l'aide, j'entre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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rc <- rainbow(32, s = 1, v = 1, start = 0, end = 1/6,gamma = 1, alpha = 1)
hv <- heatmap(x, col = rc, scale="column",
               RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins=c(5,10),
               xlab = "specification variables", ylab= "Car Models",
               main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")")

et tout a l'air ok ...

Sinon, à tout hasard, je suppose que vous avez manipulé les paramètres de scale ?

Bon courage