Discussion :

[ben.IT]

Bonjour à tous,
hello world, c'est la première fois que je mets les pieds dans le forum python

Je suis en train d'installer le module rpy, du moins j'essaye
J'obtiens l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 
python setup.py install
RHOMES= []
DEBUG= True
Setting RHOMES to  ['/usr/local/lib/R']
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 103, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

J'ai suivi le README et effectué les instructions préconisées mais en vain :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
 
 Then, configure the path to the R library.  You have several ways to do
    this (substitute RHOME with the path where R is installed, usually
    /usr/local/lib/R):
 
	o make a link to RHOME/bin/libR.so in /usr/local/lib or /usr/lib, then
          run 'ldconfig',
 
	o or, put the following line in your .bashrc (or equivalent):
 
            export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:RHOME/bin

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lrwxrwxrwx  1 root root      28 May 30 16:31 libR.so -> /usr/local/lib/R/lib/libR.so

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib/R/bin

Pour finir :
Voici le résultat de la commande lorsque j'effectue R --version :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
R --version
R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

Est ce que quelqu'un peut m'aider ?

merci d'avance,
ben

[N.tox]

je ne pourrais pas t'aider au delà de ce que je vais te dire...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 103, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

Il faut aller explorer le fichier rpy_tools.py à la ligne 103. En fait, un peu plus haut que cette ligne pour analyser la condition qui lève l'exception, peut-être est-ce simplement une étourderie. Auquel cas, la résolution pourrait être triviale. Il n'y a aucune garantie que cela soit le cas, mais la potentielle facilité de résolution d'une telle erreur fait que cela vaut le coup de regarder.

[ben.IT]

Salut N;tox et merci de ta réposne,
voici l'extrait du fichier setup.py :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 # configure the R paths                                                                                                                   
    #if sys.platform=="darwin":                                                                                                               
    #  version =                                                                                                                              
    #  if os.symlink("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current")                                                                      
    #  if RHOME.endswith('/'):                                                                                                                
    #    RHOME = RHOME[:-1]                                                                                                                 
    #  print "RHOME=",os.path.join(os.path.dirname(RHOME),                                                                                    
    #                              os.readlink(RHOME) )                                                                                       
    #  sys.exit()                                                                                                                             


    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
    RVER     = rpy_tools.get_R_VERSION_CODE(RVERSION)

La ligne 109 est en gras
J'avais essayé de remplacé la ligne 109 par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

RVERSION = "2.13.0"

L'erreur disparait mais l'étape de compilation crash

[N.tox]

Je t'invite à relire mon post précédent :

Il faut aller explorer le fichier rpy_tools.py à la ligne 103. En fait, un peu plus haut que cette ligne

[ben.IT]

Voici l'extrait de rpy_tools.py :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
 # step 2: Try executing R to determine the version                                                                                          
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)

    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                                
    version = re.search(" +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    rver = version.group(1)

  return rver.strip()

Visiblement, le module rpy ne détermine pas ma version de R ..

[N.tox]

Oui, c'est bien ce que dit le message d'erreur. Tu peux néanmoins ajouter des print pour essayer de mieux voir pourquoi ça couille, et si ça se joue simplement au niveau de la regex employée, ou si c'est autre chose encore.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
 # step 2: Try executing R to determine the version                                                                                          
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)

    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    print 'BEGIN DEBUG : \n\tstat : %s\n\t%s\nEND DEBUG'%(stat,output)
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                                
    version = re.search(" +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    rver = version.group(1)

  return rver.strip()