installation de rpy-1.0.3 RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n" RuntimeError

**ben.IT** · 31/05/2011, 14h28

Bonjour à tous,
hello world, c'est la première fois que je mets les pieds dans le forum python

Je suis en train d'installer le module rpy, du moins j'essaye

J'obtiens l'erreur suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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python setup.py install
RHOMES= []
DEBUG= True
Setting RHOMES to  ['/usr/local/lib/R']
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 103, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

J'ai suivi le README et effectué les instructions préconisées mais en vain :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 Then, configure the path to the R library.  You have several ways to do
    this (substitute RHOME with the path where R is installed, usually
    /usr/local/lib/R):
 
	o make a link to RHOME/bin/libR.so in /usr/local/lib or /usr/lib, then
          run 'ldconfig',
 
	o or, put the following line in your .bashrc (or equivalent):
 
            export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:RHOME/bin

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lrwxrwxrwx  1 root root      28 May 30 16:31 libR.so -> /usr/local/lib/R/lib/libR.so

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib/R/bin

Pour finir :
Voici le résultat de la commande lorsque j'effectue R --version :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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R --version
R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

Est ce que quelqu'un peut m'aider ?

merci d'avance,
ben

**N.tox** · 31/05/2011, 14h51

je ne pourrais pas t'aider au delà de ce que je vais te dire...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 103, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

Il faut aller explorer le fichier rpy_tools.py à la ligne 103. En fait, un peu plus haut que cette ligne pour analyser la condition qui lève l'exception, peut-être est-ce simplement une étourderie. Auquel cas, la résolution pourrait être triviale. Il n'y a aucune garantie que cela soit le cas, mais la potentielle facilité de résolution d'une telle erreur fait que cela vaut le coup de regarder.

**ben.IT** · 31/05/2011, 15h00

Salut N;tox et merci de ta réposne,
voici l'extrait du fichier setup.py :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 # configure the R paths                                                                                                                   
    #if sys.platform=="darwin":                                                                                                               
    #  version =                                                                                                                              
    #  if os.symlink("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current")                                                                      
    #  if RHOME.endswith('/'):                                                                                                                
    #    RHOME = RHOME[:-1]                                                                                                                 
    #  print "RHOME=",os.path.join(os.path.dirname(RHOME),                                                                                    
    #                              os.readlink(RHOME) )                                                                                       
    #  sys.exit()                                                                                                                             


    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
    RVER     = rpy_tools.get_R_VERSION_CODE(RVERSION)

La ligne 109 est en gras
J'avais essayé de remplacé la ligne 109 par :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

RVERSION = "2.13.0"

L'erreur disparait mais l'étape de compilation crash

**N.tox** · 31/05/2011, 15h07

Je t'invite à relire mon post précédent :

Il faut aller explorer le fichier rpy_tools.py à la ligne 103. En fait, un peu plus haut que cette ligne

**ben.IT** · 31/05/2011, 15h14

Voici l'extrait de rpy_tools.py :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 # step 2: Try executing R to determine the version                                                                                          
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)

    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                                
    version = re.search(" +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    rver = version.group(1)

  return rver.strip()

Visiblement, le module rpy ne détermine pas ma version de R ..

**N.tox** · 31/05/2011, 15h24

Oui, c'est bien ce que dit le message d'erreur. Tu peux néanmoins ajouter des print pour essayer de mieux voir pourquoi ça couille, et si ça se joue simplement au niveau de la regex employée, ou si c'est autre chose encore.

Code :

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 # step 2: Try executing R to determine the version                                                                                          
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)

    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    print 'BEGIN DEBUG : \n\tstat : %s\n\t%s\nEND DEBUG'%(stat,output)
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                                
    version = re.search(" +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    rver = version.group(1)

  return rver.strip()

**ben.IT** · 31/05/2011, 15h39

j'ai ajoutée ton print, voici :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RHOMES= ['/usr/local/lib/R']
DEBUG= True
BEGIN DEBUG : 
	stat : 0
	R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License version 2.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

END DEBUG
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 104, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

C'est la regex qui n'arrive pas à chopper le motif nombre.nombre.nombre -> 2.13.0 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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print '\n\nDEBUG 2 : %s \n\n'%(version)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")

Code :

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python setup.py make
RHOMES= ['/usr/local/lib/R']
DEBUG= True
BEGIN DEBUG : 
	stat : 0
	R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
 
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License version 2.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.
 
END DEBUG
 
 
DEBUG 2 : None 
 
 
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 109, in <module>
    RVERSION = rpy_tools.get_R_VERSION(RHOME, force_exec=True)
  File "/home/bmasson/rpy-1.0.3/rpy_tools.py", line 105, in get_R_VERSION
    raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
RuntimeError: Couldn't obtain version number from output
of `R --version'.

**ben.IT** · 31/05/2011, 15h57

j'ai fixer en dur

Code :

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  # step 2: Try executing R to determine the version                                                                                         
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)

    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    print 'BEGIN DEBUG : \n\tstat : %s\n\t%s\nEND DEBUG'%(stat,output) #bm                                                                   
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                               
    version = re.search(" +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)
    version = "2.13.0"
    print '\n\nDEBUG 2 : %s \n\n'%(version)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    #rver = version.group(1)                                                                                                                 
    rver = "2.13.0"
return rver.strip()

je passe les instructions qui lancaient une exception mais la compilation plante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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python setup.py bdist
RHOMES= ['/usr/local/lib/R']
DEBUG= True
BEGIN DEBUG : 
	stat : 0
	R version 2.13.0 (2011-04-13)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
 
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License version 2.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.
 
END DEBUG
 
 
DEBUG 2 : 2.13.0 
 
 
### Using R verion 2.13.0 installed at /usr/local/lib/R ###
RHOME= /usr/local/lib/R
copying src/rpymodule.c -> src/rpymodule2130.c
copying src/R_eval.c -> src/R_eval2130.c
copying src/io.c -> src/io2130.c
running bdist
running bdist_dumb
running build
running build_py
creating build
creating build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy.py -> build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy_io.py -> build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy_version.py -> build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy_tools.py -> build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy_options.py -> build/lib.linux-i686-2.6
copying rpy_wintools.py -> build/lib.linux-i686-2.6
running build_ext
building '_rpy2130' extension
creating build/temp.linux-i686-2.6
creating build/temp.linux-i686-2.6/src
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -DWITH_NUMERIC=3 -DPY_ARRAY_TYPES_PREFIX=PyArray_ -DRPY_SHNAME=_rpy2130 -DINIT_RPY=init_rpy2130 -UPRE_2_2 -I/usr/local/lib/R/include -Isrc -I/usr/share/R/include -I/usr/local/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/include -I/usr/local/include/python2.6 -c src/rpymodule2130.c -o build/temp.linux-i686-2.6/src/rpymodule2130.o -shared
In file included from /usr/local/lib/R/include/Rdefines.h:29:0,
                 from src/RPy.h:52,
                 from src/rpymodule2130.c:51:
/usr/local/lib/R/include/Rinternals.h:657:1: warning: function declaration isn’t a prototype
In file included from src/RPy.h:57:0,
                 from src/rpymodule2130.c:51:
/usr/local/lib/R/include/R_ext/Rdynload.h:26:1: warning: function declaration isn’t a prototype
In file included from src/rpymodule2130.c:51:0:
src/RPy.h:77:51: fatal error: Rdevices.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

je sèche

Si quelqu'un a déja procéder à l'install de rpy ...

ben

**N.tox** · 31/05/2011, 16h44

Bon, tout d'abord, modifons la regex, je trouve ça bien plus propre que de mettre la version en dur.

Code :

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# step 2: Try executing R to determine the version                                                                                          
  if not rver:
    if (not RHOME) or (not os.path.exists(RHOME)):
      RHOME = get_R_HOME(force_exec)
 
    rexec = os.path.join(RHOME, 'bin', 'R')
    stat, output = getstatusoutput('"%s" --version' % rexec )
    print 'BEGIN DEBUG : \n\tstat : %s\n\t%s\nEND DEBUG'%(stat,output)
    if stat or len(output)<=0:
      raise RuntimeError("Couldn't execute the R interpreter" +
                         " `%s'.\n" % rexec )
    # edd 05 Apr 2006  version = re.search("R +([0-9]\.[0-9]\.[0-9])", output)                                                                
    version = re.search(" (\d+?\.\d+?\.\d+?) ", output)
    if not version:
      raise RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n"
                               "of `R --version'.\n")
    rver = version.group(1)
 
  return rver.strip()

Bon, ça déjà, ça devrait aller.

Ensuite:

[...]In file included from src/rpymodule2130.c:51:0:
src/RPy.h:77:51: fatal error: Rdevices.h: No such file or directory[...]

Ici, soit le dit fichier n'est pas inclu, et là faut contacter l'auteur, soit c'est un faute de frappe, auquel cas il faut retrouver le fichier pour verifier son nom exact, et le corriger (sois le nom du fichier directement (pas prudent), soit les références au dit fichier dans les différents fichiers cités).

A tous les coups, Rdevices.h s'appelle en fait RDevices.h ou Rdevice.h ou encore RDevice.h...

**ben.IT** · 01/06/2011, 15h35

merci pour le regex, elle fixe le problème.
Maintenant reste, le problème du fichier manquant Rdevices.h.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
find / -name Rdevices.h
/home/benoit/R-2.13.0/src/include/Rdevices.h

Ce fichier est présent dans la tarball de l'installation de R ...

**N.tox** · 01/06/2011, 16h37

He bien comme on s'aventure dans le terrain du debug C, je ne puis t'aider d'avantage, à partir de là tu peux aller dans la section C, ou bien contacter l'auteur et lui faire part de tes soucis...

Bon courage

**N.tox** · 02/06/2011, 00h37

Juste une question maintenant que j'ai été faire un tour sur la page du projet... Pourquoi es-tu encore à la version 1.0.3, alors qu'il en est actuellement à la 2.1.9, quasi à la 2.2.0. ? contrainte technique ?

**ben.IT** · 06/06/2011, 13h48

Oui, j'ai besoin de rpy 1.X pour le déploiement d'une nouvelle application web développée en python ...

installation de rpy-1.0.3 RuntimeError("Couldn't obtain version number from output\n" RuntimeError

Python

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