Discussion :

[jane40]

Bonjour,

Je souhaite conserver dans un data.frame que les lignes commençant par "EHI".
Mon data.frame a la forme suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
            NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8
EHI_012000         161          0        152        168          0          0
EHI_012010         740          0        899        713          0          0
EHI_012020       10653          0      21821      10571          0          0

Les lignes ont 4 formes possibles :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
 
EHI_072740
EhLINE1_157_1
EhRC4_548_2
EhSINE1_386_3 EhERE2_474_4

Ce qui me permet de conserver ce que je veux en sélectionnant les lignes qui commencent par "EHI". Les fonctions grep, substring ne font pas exactement ce que je veux. Je cherche une fonction qui serait l'équivalent de la fonction Matlab "strcmp"...

Est-ce que quelqu'un connaît une fonction pour faire ceci ?

Merci

[jane40]

En fait, la fonction grep résout mon problème ! Elle retourne bien la position de la chaîne de caractères cherchée

[pitipoisson]

Bonjour,

Pourquoi la fonction grep ne ferait-elle pas l'affaire ?

J'ai un peu modifié ton exemple de données pour l'exemple et avec grep, tu peux obtenir les numéros de lignes commençant par "EHI" :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df
              NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8
EHI_012000           161          0        152        168          0          0
EhLINE1_157_1        740          0        899        713          0          0
EHI_012020         10653          0      21821      10571          0          0
EhSINE1_386_3        740          0        899        713          0          0
EHI_012021         10653          0      21821      10571          0          0
 
> grep(pattern="^EHI", row.names(df))
[1] 1 3 5

Numéros que tu peux utiliser comme indices pour ne retenir que les lignes correspondantes :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> df[grep(pattern="^EHI", row.names(df)), ]
           NbOfReads2 NbOfReads3 NbOfReads4 NbOfReads6 NbOfReads7 NbOfReads8
EHI_012000        161          0        152        168          0          0
EHI_012020      10653          0      21821      10571          0          0
EHI_012021      10653          0      21821      10571          0          0

Edit: Oups, j'avais pas vu que tu avais répondu dans l'intervalle !

[jane40]

Merci quand même