Bonjour,

Je souhaite extraire un certain nombre d'informations d'un fichier (geneCount.csv.tsv) comportant des milliers de lignes et 2 colonnes :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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ID=EHI_072740;Name=EHI_072740;description=hypothetical+protein;size=1758;web_id=EHI_072740;locus_tag=EHI_072740;size=1758;Alias=3287.t00002,3287.m00024_0	106
ID=EHI_043440;Name=EHI_043440;description=regulator+of+nonsense+transcripts%2C+putative;size=3445;web_id=EHI_043440;locus_tag=EHI_043440;size=3445;Alias=3062.t00001_1	342
ID=EhLINE1_157_1	6
ID=EhLINE1_158_1	7
ID=EhLINE2_106_1	4
...
Le résultat que je souhaite obtenir est :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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EHI_072740	106
EHI_043440	342
EhLINE1_157_1	6
EhLINE1_158_1	7
EhLINE2_106_1	4
Après quelques heures de test, voilà ce que j'obtiens (fichier construction_matrix) :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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x
1	x
2	1	ID=EHI_072740
3	2	ID=EHI_043440
4	3	ID=EhLINE1_157_1
5	4	ID=EhLINE1_158_1
6	5	ID=EhLINE2_106_1
Je commence par lire mon fichier initial, dont je recopie la première colonne. Je lis ce nouveau fichier en choisissant comme séparateur ";", ce qui me permet de me débarasser ensuite de ce que je ne veux pas. Le problème est qu'à chaque fois, j'ai une indexation automatique et un "x" et je ne sais pas comment les enlever

Voici le code que j'utilise (comme j'ai 6 fichiers de ce type, j'utilise en plus paste()):
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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for (s in s_lane)
{
chemin=paste("Donnees/amibe/Bowtie/geneCount/L",s,".geneCount.csv.tsv",sep="")
donnees <- read.delim(chemin, header=FALSE, sep="\t",stringsAsFactors=TRUE )
 
write.table(donnees[,1],file=paste("Donnees/amibe/Bowtie/geneCount/construction",s,".txt",sep=""),sep="\t", quote=FALSE)
}
 
 
 
for (s in s_lane)
{
chemin2=paste("Donnees/amibe/Bowtie/geneCount/construction",s,".txt",sep="")
donnees2 <- read.delim(chemin2, header=FALSE, sep=";" ) #,stringsAsFactors=TRUE
 
write.table(donnees2[,1],file=paste("Donnees/amibe/Bowtie/geneCount/construction_matrix",s,".txt",sep=""),sep="\t", quote=FALSE)
}
Je pensais que c'était dans les options de write.table, mais je n'ai rien trouvé de ce côté là ! J'espère que quelqu'un peut m'éclairer un peu