Discussion :

[fripette]

Bonjour à tous,

Voilà, je débute vraiment en R.
Je suis face plusieurs interrogations que j'ai du mal à formuler et donc à solutionner en cherchant dans la doc (pas de mots clé donc pas de chocolat)

Voici ma matrice :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	[0-25]	[25-50]	[50-75]	[75-100]
E1	0	4	10	0	
E2	0	0	5	0	
E3	0	1	0	0	
E4	0	8	1	0	
E5	0	19	4	0

Voici mon code (et là j'ai eu beaucoup d'aide de mes collègues) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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matppbrut <- read.table("/Users/drula/scripts/data/cazydata/blast_tmp/result_full_predict_20110426_15:59:07.txt", header=T)
colnames(matppbrut) <- substr(colnames(matppbrut), 2, 5)
matppbrut <- t(matppbrut)
 
nom <- "/Users/drula/scripts/data/cazydata/blast_tmp/test.png"
png(filename=nom,width=750, height=600,units="px",pointsize=12,bg="white",res=100)
pie(matppbrut[,1], main = names(matppbrut[1,][1]))
legend("topleft", colnames(matppbrut), cex=0.7, col=c("#FF69B4","#FF6600","#FF69B4","#AA9900","#33FF33","#AB003C"),pch=16:21, lty=2)
dev.off()

Je voudrais faire pour chaque ligne un camembert representatif du nombre de valeurs pour chaque quart (de 100% ).
Donc j'ai du retourné ma matrice sinon ca marchait pas .

Les problèmes que je rencontre:
_ le header du tableau est pas du tout pris correctement en compte ca donne sur mon pie 50.7 au lieu de [50-75] : donc probleme d'integration du - ?

_ le probleme des valeurs zero: ca donne une barre toute fine sur le camembert ca fait moche. Je voudrais que ces valeurs ne soient pas affiches lors de la generation du graph . J'ai pense faire un tableau donc une matrice par E (donc un fichier plat par E aussi ?)

[A. D.]

Bonjour,

Dans la mesure où je ne dispose pas de votre fichier de données, je ne sais pas de quelle manière sont gérés les noms de vos colonnes.

Cependant, j'ai rédigé le code suivant en me basant sur ce que j'ai compris que vous cherchiez à faire. Il fonctionne parfaitement et les labels des parts du camembert sont corrects. Il pourrait sûrement être fait plus proprement (si vous avez beaucoup de lignes, l'utilisation d'une boucle n'est peut-être pas très optimale...), mais cela vous donnera peut-être une idée de comment procéder pour supprimer les éléments ayant pour valeur zéro.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M<-matrix(c(0,0,0,0,0,4,0,1,8,19,10,5,0,1,4,0,0,0,0,0),byrow=FALSE,ncol=4)
 
rownames(M)<-paste("E",1:5,sep="")
colnames(M)<-c("[0-25]","[25-50]","[50-75]","[75-100]")
 
 
par(mfrow=c(2,3))
 
for(i in 1:nrow(M))
{
	A<-M[i,]
 
	u<-NULL
	for(k in 1:length(A))
	{
		if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}
	}
 
	A<-A[-u]
 
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("cornsilk", "skyblue"))
}

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[fripette]

Merci pour cette réponse ! Ton script fait exactement ce que je veux
Mon fichier d'entrée est vraiment le tableau prés formatée

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	[0-25]	[25-50]	[50-75]	[75-100]
E1	0	4	10	0	
E2	0	0	5	0	
E3	0	1	0	0	
E4	0	8	1	0	
E5	0	19	4	0

Ma question suivante est la prise en compte des valeurs nulles que je voudrais remplacer par NA.
Comment intégrer la 'non prise en compte' de ces valeurs?
J'ai essaye avec na.rm=TRUE en argument dans le pie ,mais ca n'est pas pris en compte :S

[A. D.]

Ma question suivante est la prise en compte des valeurs nulles que je voudrais remplacer par NA.
Comment intégrer la 'non prise en compte' de ces valeurs?
J'ai essaye avec na.rm=TRUE en argument dans le pie ,mais ca n'est pas pris en compte :S

Pourquoi remplacer les valeurs nulles par des NA?
Dans l'exemple que j'ai créé ci-dessus, les valeurs nulles ne sont pas prises en compte dans le dessin des camemberts. Cela ne correspond pas à ce que vous souhaitez faire?


Cordialement,

A.D.

[fripette]

Si exactement mais cependant je ne vois pas (ou je ne la comprends pas ) la partie correspondant aux valeurs nulles
est ce bien cette partie ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0)
		{
			u<-c(u,k)
		}

si oui pourriez vous me l'expliquer svp

[A. D.]

Voici le même code que précédemment mais avec quelques commentaires :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i in 1:nrow(M)) # boucle sur les lignes de la matrice M
{
	A<-M[i,]  # A contient la ième ligne de la matrice M
 
	u<-NULL
 
	for(k in 1:length(A)) # cette boucle permet de parcourir tous les éléments de A
	{
		if(A[k]==0) # si le kème élément de A vaut zéro, alors :
		{
			u<-c(u,k) # on stocke la position k à la suite dans le vecteur u
		}
	}
 
	# à la fin de cette boucle "for", le vecteur u contient les emplacements des valeurs nulles dans A
 
	A<-A[-u] # ici on supprime tous les éléments de A qui valent zéro
 
	pie(A,main=rownames(M)[i],col=c("cornsilk", "skyblue"))
}

Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas


Cordialement,

A.D.

[fripette]

C'est bon j'ai compris : je vais commenter pour ceux qui rencontreront ce même problème plus tard

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(A[k]==0) # pour chaque valeur de la ligne si c'est egale a Zero 
		{
			u<-c(u,k) # je mets dans un vecteur l'index de la valeur nulle 
		}
	}

	A<-A[-u] # je redefinis mon vecteur d'interet en prenant l'inverse de u (donc les indexes des valeurs NON nulles)