Discussion :

[Leishmaniose]

Salut,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

% render_blast1.pl data1.txt | display -

ceci permet d'exécuter le script render_blast1.pl en prenant le fichier data1.txt comme input et en affichant directement le résultat du run (noter que l'output du script est un fichier .png)

Je voudrais connaitre ce qu'il faut faire à partir d'une invite de commandes windows pour obtenir le même résultat sachant que j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt | display -

qui renvoie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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'display' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme exécutable ou un fichier de commandes.

et j'ai essayé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt

qui renvoie :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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♥   \³♥j╔♣3╗§&T    IEND«B`é

ce que je soupçonne être le code de l'image mais pas dans le bon endroit !!! va savoir...

Pour plus de détails, voici le script render_blast1.pl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!C:/perl/bin/perl.exe
 
# This is code example 1 in the Graphics-HOWTO
use strict;
use Bio::Graphics;
use Bio::SeqFeature::Generic;
 
my $panel = Bio::Graphics::Panel->new(-length => 1000,-width  => 800);
my $track = $panel->add_track(-glyph => 'generic',-label  => 1);
while (<>) { # read blast file
  chomp;
  next if /^\#/;  # ignore comments
  my($name,$score,$start,$end) = split /\t+/;
  my $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(-display_name=>$name,-score=>$score,-start=>$start,-end=>$end);
  $track->add_feature($feature);
}
 
binmode(STDOUT);
print $panel->png;
 
exit;

Merci beaucoup.

[djibril]

voilà un autre bioinformaticien faisant du bioperl

[2Eurocents]

display est un programme disponible sous Linux et qui affiche les images qu'on lui transmet comme paramètres, ou l'image qu'on lui injecte comme entrée standard si le paramètre est simplement "-". Ce programme fait partie de l'excellente suite d'outils graphiques "Image Magick".

Je ne sais pas s'ils sont portés sous windows

Pour ce qui est de l'exploitation de la sortie, sous Windows, il reste la possibilité de l'enregistrer pour l'ouvrir manuellement à la suite : il faut remplacer le "| display -" par un "> nom_fichier.png".

Ensuite, avec l'explorateur de fichiers, il sera possible d'ouvrir ce PNG avec l'application "habituelle" d'affichage d'image.

[Leishmaniose]

Salut,

Merci beaucoup pour votre aide, ça marche à merveille