Salut,

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
% render_blast1.pl data1.txt | display -
ceci permet d'exécuter le script render_blast1.pl en prenant le fichier data1.txt comme input et en affichant directement le résultat du run (noter que l'output du script est un fichier .png)

Je voudrais connaitre ce qu'il faut faire à partir d'une invite de commandes windows pour obtenir le même résultat sachant que j'ai essayé :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt | display -
qui renvoie :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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'display' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme exécutable ou un fichier de commandes.
et j'ai essayé :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
C:\perl>perl render_blast1.pl data1.txt
qui renvoie :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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Ù'{Ù?Õ½♥ƤïýÚ¡GMÊÖñ☼E┐╠[§$╩w;Ý0åï▀0┤K╔Þ¶ `║ëO
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♥   \³♥j╔♣3╗§&T    IEND«B`é
ce que je soupçonne être le code de l'image mais pas dans le bon endroit !!! va savoir...

Pour plus de détails, voici le script render_blast1.pl :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!C:/perl/bin/perl.exe
 
# This is code example 1 in the Graphics-HOWTO
use strict;
use Bio::Graphics;
use Bio::SeqFeature::Generic;
 
my $panel = Bio::Graphics::Panel->new(-length => 1000,-width  => 800);
my $track = $panel->add_track(-glyph => 'generic',-label  => 1);
while (<>) { # read blast file
  chomp;
  next if /^\#/;  # ignore comments
  my($name,$score,$start,$end) = split /\t+/;
  my $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(-display_name=>$name,-score=>$score,-start=>$start,-end=>$end);
  $track->add_feature($feature);
}
 
binmode(STDOUT);
print $panel->png;
 
exit;
Merci beaucoup.