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Le problème vient certainement du fait que les applications A et B utilisent des versions différentes d'une même librairie.
Si les librairies sont bien identifiées, voici la solution :
Pour commencer, il est impossible d'empêcher le chargement des librairies déposées dans $JAVA_HOME/lib/ext.
En revanche, on peut demander à la jvm de charger en priorité une autre librairie, ce qui a pour effet de surcharger les librairies système. A noter que, comme la documentation le précise, il est interdit de distribuer une application qui surcharge rt.jar qui contient l'api standard.
Donc, il faut ajouter l'option -Xbootclasspath/p:path à la jvm.
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