Discussion :

[shadow19c]

Bonjour,
je dois faire un programme qui calcul la taille intergeniques entre deux orthologues.
Pour cela je dois tout d'abord partir d'un fichier de reciprocal best blast hits qui contient le couple de mes orthologues: (ceci est un petit bout du fichier)

Code :

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C169v2-04488	Aster-06787
C169v2-04487	Aster-06725
C169v2-04480	Aster-06724
C169v2-04481	Aster-06792
C169v2-03069	Aster-04749
C169v2-03068	Aster-01309
C169v2-03061	Aster-06908
C169v2-03060	Aster-04730
C169v2-03067	Aster-04746
C169v2-03066	Aster-04710
C169v2-03065	Aster-04711
C169v2-03064	Aster-05029
C169v2-03285	Aster-01180

Donc le but est de fixer les C169-***, car je vais dois regarder si deux genes qui se suivent par exemple C169v2-04480 C169v2-04481 n'ont pas de gens orthologues qui se suivent aussi même si ils sont renverses, par exemple si j'avais deux gènes Aster Aster -0002 puis 0001 ca marche .
Donc je voulais savoir je voulais faire un hash qui contiendrait tous les CV et leurs asters puis je pars du premier Cv-** puis je compare si j'ai pas un CV-**** plus grand que un ou plus petit puis je regarde leurs gènes orthologues.

P.S:Je refais l'exemple si je prends le premier C169v2-04488 je lui ajoute +1 je trouve C169v2-04489 je regarde si ce chiffre existe si il existe je vais regarder par la suite si le Aster-06787 correspond soit Aster-06786 ou Aster-06788 si ca ne correspond pas je regarde -1 je fais la meme chose.
Si j'ai fini je passe a l'autre.
merci

[Jasmine80]

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
my %hash = (
'C169v2-03069'	=>	'Aster-04749',
'C169v2-03068'	=>	'Aster-01309',
'C169v2-03061'	=>	'Aster-06908',
'C169v2-03060'	=>	'Aster-04730',
'C169v2-03067'	=>	'Aster-04746',
'C169v2-03066'	=>	'C169v2-03065',
'Aster-04711'	=>	'Aster-04712',
 
);
 
while  ( my ($k, $v) = each %hash){
 
	my ($gene_k, $num_k) = $k =~ m/^(\w+)-(\d+)$/;
	my ($gene_v, $num_v) = $v =~ m/^(\w+)-(\d+)$/;
 
	if ((abs ($num_k - $num_v) == 1) && ($gene_k eq $gene_v) ){
 
		print "$k\t$v\n";
 
	}
}

[shadow19c]

Merci pour ta reponse toujours aussi parfaite, je suis entrain de chercher la complexite des sens des genes c'est pas drole merci en tout cas.
Par ce que le but c'est que je dois verfier dans le fichier cds le sens des genes + ou - je dois verfier la compatiblite des SA*SB

[Jasmine80]

je suis contente d'aider ... pour une fois que j'ai bien compris le problème

[shadow19c]

Par contre je voulais savoir , le code me fait il toutes les possibilites.
Cest a dire en ajoutant +1 verification et le -1.
Je pense que ta pas compris y a til un moyen de tenvoyer le fichier reciprocal best blast hit
merci

[Jasmine80]

oui, grâce à la valeur absolue (abs)

n'oublie pas d'indiquer quand ce sera résolu