Discussion :

[jeune ingénieure]

Bonjour,
je dispose de 2 fichiers d'extension .mha
j'arrive à lire un et l'autre nom et je sais pas pourquoi.
voici les infos que j'obtient pour chaque image:
C'est l'image que j'arrive à lire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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info1 = 
 
                 Filename: 'Normal1.mha'
                   Format: 'MHA'
           CompressedData: 'true'
               ObjectType: 'image'
       NumberOfDimensions: 3
               BinaryData: 'true'
                ByteOrder: 'false'
       CompressedDataSize: 3705337
          TransformMatrix: [1 0 0 0 1 0 0 0 1]
                   Offset: [0 0 0]
         CenterOfRotation: [0 0 0]
    AnatomicalOrientation: 'RAI'
          PixelDimensions: [2 2 4]
               Dimensions: [128 128 294]
                 DataType: 'ushort'
                 DataFile: 'LOCAL'
                 BitDepth: 16
               HeaderSize: 327

la deuxième image (celle que je n'arrive pas à lire)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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info = 
 
                 Filename: 'SimTumor001_T1.mha'
                   Format: 'MHA'
           CompressedData: 'true'
               ObjectType: 'image'
       NumberOfDimensions: 3
               BinaryData: 'true'
                ByteOrder: 'false'
       CompressedDataSize: 17764861
          TransformMatrix: [1 0 0 0 1 0 0 0 1]
                   Offset: [0 0 0]
         CenterOfRotation: [0 0 0]
    AnatomicalOrientation: 'RAI'
          PixelDimensions: [1 1 1]
               Dimensions: [256 256 181]
                 DataType: 'ushort'
                 DataFile: 'LOCAL'
                 BitDepth: 16
               HeaderSize: 328

L'erreur que j'obtient est la suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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??? Java exception occurred:
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
 
 
Error in ==> mha_read_volume>zlib_decompress at 82
a=java.io.ByteArrayInputStream(Z);
 
Error in ==> mha_read_volume at 74
        V = zlib_decompress(Z,DataType);
 
Error in ==> BINAIRE at 7
V = mha_read_volume('SimTumor001_T1.mha');

merci

[Kangourou]

salut,

je crois que le message d'erreur est clair : "Out of Memory" , c'est à dire qu'il n'y a plus assez de place en mémoire.

a priori c'est donc un manque de mémoire tout simple, même si l'image n'est pas si grosse que ça. Essaie de supprimer les variables inutiles, et de ne pas charger trop d'images en même temps.

sinon, augmenter la mémoire disponible...

A+

[Jerome Briot]

En fait on voit que le problème survient dans une opération de décompression.

La taille du fichier est peut être raisonnable, mais celle des données décompressées semble poser problème.

A tout hasard => How do I increase the heap space for the Java VM in MATLAB 6.0 (R12) and later versions?

Une autre solution consisterait à lire le fichier par morceau... mais je ne ne connais pas ce format donc je ne peux pas dire si c'est possible ou pas

[jeune ingénieure]

Bonjour,
merci Dut ,c'est la bonne solution.
je l'ai testé et ça marche très bien.
bonne journée