Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $file (@files_list){ 
 
	# parse and read a set of blast output files 
	my $blast = Boulder::Blast->parse($file);

Avec Boulder::Blast->parse($file) j'obtiens l'erreur qui se répète indéfiniment :

Use of uninitialized value in scalar chomp at C:/Perl/site/lib/Boulder/Blast/NCBI.pm line 150, <GEN1> line 401.
Use of uninitialized value in length at C:/Perl/site/lib/Boulder/Blast/NCBI.pm line 151, <GEN1> line 401.

Par contre si au lieu d'une variable $file, je mets directement le chemin vers le fichier ("P:/.../fichier"), cela fonctionne (mais je ne peux donc traiter qu'un seul fichier à la fois). Avez-vous une idée du problème?

Merci pour votre aide

[djibril]

Que donne ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $file (@files_list){
  print "Fichier : $file\n";
}

[Jasmine80]

Merci pour ton aide

Fichier : P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-007_blast
Fichier : P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-008_blast

Les fichiers n'ont pas d'extension mais cela ne semble pas poser de problème

[djibril]

Et quand tu mets en dure ces noms des fichiers, ça fonctionne ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $blast = Boulder::Blast->parse('P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-008_blast');

[Jasmine80]

Et quand tu mets en dure ces noms des fichiers, ça fonctionne ?

... oui, c'est ça que je ne comprends pas


L'erreur parle de 'Use of uninitialized value in scalar chomp '

[Jasmine80]

Voila, j'ai ajouté une extension aux fichiers et maintenant cela fonctionne

[djibril]

ah bah voilà. Tu pourrais le faire dans ton programme pour gérer tous les cas particulier.