Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $file (@files_list){ 
 
	# parse and read a set of blast output files 
	my $blast = Boulder::Blast->parse($file);

Avec Boulder::Blast->parse($file) j'obtiens l'erreur qui se répète indéfiniment :

Use of uninitialized value in scalar chomp at C:/Perl/site/lib/Boulder/Blast/NCBI.pm line 150, <GEN1> line 401.
Use of uninitialized value in length at C:/Perl/site/lib/Boulder/Blast/NCBI.pm line 151, <GEN1> line 401.

Par contre si au lieu d'une variable $file, je mets directement le chemin vers le fichier ("P:/.../fichier"), cela fonctionne (mais je ne peux donc traiter qu'un seul fichier à la fois). Avez-vous une idée du problème?

Merci pour votre aide

[djibril]

Que donne ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $file (@files_list){
  print "Fichier : $file\n";
}

[Jasmine80]

Merci pour ton aide

Fichier : P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-007_blast
Fichier : P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-008_blast

Les fichiers n'ont pas d'extension mais cela ne semble pas poser de problème

[djibril]

Et quand tu mets en dure ces noms des fichiers, ça fonctionne ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $blast = Boulder::Blast->parse('P:/Theorie/Driss/Orf19/test/NOVEL-Ca21chr1-008_blast');

[Jasmine80]

Et quand tu mets en dure ces noms des fichiers, ça fonctionne ?

... oui, c'est ça que je ne comprends pas


L'erreur parle de 'Use of uninitialized value in scalar chomp '

[Jasmine80]

Voila, j'ai ajouté une extension aux fichiers et maintenant cela fonctionne

[djibril]

ah bah voilà. Tu pourrais le faire dans ton programme pour gérer tous les cas particulier.

[Philou67430]

Ca me semble qu'en même très étrange, et j'aurais tendance à dire que c'est un bug...

[djibril]

Ca me semble qu'en même très étrange, et j'aurais tendance à dire que c'est un bug...

me too
D'ailleurs une bonne idée serait de le relater à l'auteur du module ici.

[Philou67430]

J'ai été regarder les sources, et j'ai quand même un doute : as-tu bien essayé avec tous les fichiers de ta liste ?
L'extension ne devrait avoir aucun rapport avec ton erreur, de même que le type de donnée fournie comme nom de fichier, car l'erreur se produit sur une ligne du fichier analysée (un hits).