Merci. 
Je m'étais orienté vers une solution plus ou moins proche.
Je conserve le fichier log4j.properties dans l'EAR, ce qui me permet de déployer facilement l'application en local, dans un JOnAS juste installé et démarré.
Sur les environnements cibles, je lance JOnAS avec l'option
-Dlog4j.configuration=externe.log4j.properties
qui a pour effet de faire chercher par log4j le fichier de configuration externe.log4j.properties et non plus log4j.properties (trouvé à http://logging.apache.org/log4j/1.2/manual.html)
Et dans le classpath, par exemple dans JONAS_BASE/conf, je mets ce fichier propre à chaque environnement (généré et copié par le kit d'installation).
Ainsi, avec le même EAR, pas de problème en local, et possibilité de paramétrer et de changer facilement si besoin le niveau de trace sur les environnements cibles.
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