Discussion :

[Jasmine80]

J'aimerais que la séquence $seq_mut soit égale à $seq mais que $cod_mut soit remplacé par $blaTEMx

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

($seq_mut = $seq ) =~ s/${cod_mut}/${blaTEMx}/;

Où est mon erreur?


Merci

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq_mut = $seq;
$seq_mut =~ s/$cod_mut/$blaTEMx/;

Faut faire au plus simple

[Jasmine80]

Merci de me répondre. C'est ce que j'ai essayé en premier lieu mais sans succès.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# recherche du codon contenant la mutation
	my ($cod_mut) = $seq =~ /(\w*\[\w+\]\w*)/;
 
	# séquence mutée
	my $seq_mut;
 
	# si 1 seul nucléotide est muté
	if ($cod_mut =~ /\[\w\]/){ 
		($seq_mut = $seq ) =~ s/$cod_mut/$blaTEMx/;
	}

$cod_mut = '[T]TT';
$blaTEMx = 'CTT';

sequence : ATG AGT ATT [T]TT CAT TTT CGT GTC

Et cela ne va pas non plus :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# recherche du codon contenant la mutation
	my ($cod_mut) = $seq =~ /(\w*\[\w+\]\w*)/;
 
	# séquence mutée
	my $seq_mut = $seq;
 
	# si 1 seul nucléotide est muté
	if ($cod_mut =~ /\[\w\]/){ 
		$seq_mut =~ s/$cod_mut/$blaTEMx/;
	}
 
	print "$start_mut\t$cod_mut\t=>\t$blaTEMx\n$seq\n$seq_mut\n";

[Jasmine80]

Il faut ajouter des slashes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $cod_mut = '\[T\]TT';
my $blaTEMx = 'CTT';
 
my $seq = 'ATG AGT ATT [T]TT CAT TTT CGT GTC';
my $seq_mut = $seq;
 
$seq_mut =~ s/$cod_mut/$blaTEMx/;
 
print "$seq_mut\n";

Solution

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# si 1 seul nucléotide est muté
	if ($cod_mut =~ /\[\w\]/){ 
		$cod_mut = quotemeta ($cod_mut);
		($seq_mut = $seq ) =~ s/$cod_mut/$blaTEMx/;
	}

Il n'y avait pas un autre moyen que quotemeta?

[Philou67430]

Je ne connais pas d'autre moyen que quotemeta, qui est justement fait pour cela. Ton écriture d'affectation en passant est par ailleurs tout à fait légale ( ($a = $b) =~ s/tralala/trululu/ ).

[Jasmine80]

J'ai trouvé c'était qr auquel je pensais et que je n'arrivais plus à retrouver

Alternately, you can use qr//, the regular expression quote operator (see perlop for more details). It quotes and perhaps compiles the pattern, and you can apply regular expression flags to the pattern.

Ne réglerait-il pas mon problème? N'est-ce pas plus propre?