Recherche:

Bonjour à tous et à toutes,

Je souhaite effectuer un blastn sur les serveurs du NCBI au moyen de Bio::Tools::Run::RemoteBlast. Pas de problème pour la configuration des paramètres "standards" tels...

qsub, ça sent la grille Sun. Bon courage :P

Ou sinon carrément basculer sous R...

Egalement répondu en MP. N'hésite pas à la fin de nous poster un retour sur cette étude ;)

Vu le message d'erreur, il semblerait que blastall, l'exécutable de blast, ne soit pas dans le répertoire /usr/bin/

Avant de faire l'appel à par l'intermédiaire d'un script, as-tu essayé...

Sous windows j'utilisais deux logiciels (payants) pour l'assemblage et l'annotation: Vector NTI et Seqman de la suite DNAstar.

Aligner ou assembler ces séquences?

Bonjour Jasmine,

Pour la visualisation des contigs, tu peux également utiliser le soft Tablet et pour les alignements GUI il y a Seaview ou CLustalX qui est dans les paquets synaptic

Bonjour à touts et toutes.

Avez-vous déjà réalisé des comparaisons d'arbres phylogénétiques? utilisez-vous un logiciel en particulier ou écrit un script à cet effet?

Ces questions s'intègrent...

Bonjour à tous,

Je possède un ensemble de génomes contenant des bases non définies (indiquées par le code IUPAC N). Lorsque j'effectue un blast en utilisant ces séquences comme database, la...

Merci pour cette info. J'avais fait une recherche sur le forum avec clustalw et pas clustal. c'est pour cela que je n'avais pas déjà trouvé la réponse.

En attendant, j'avais pondu une solution un...

Il ne semble pas y avoir de d'outil miracle permettant de corriger mes erreurs de séquençage liées aux homopolymères. Je vais donc vous présenter la stratégie envisagée:


1 - Alignement multiple...

Bienvenue au club!



Le fait que NextGene soit un logiciel commercial est totalement rédhibitoire pour moi.
Je viens de tester SCARF, c'est un assembleur qui fonctionne plutôt bien mais...

Salut Beniou,

Les assemblages de novo ont été réalisés au moyen de mira. Les contigs ont ensuite été ordonnés afin d'être regroupés en scaffold avec le soft nommé Abacas et créée par le Sanger...

Ca serait en effet sympa de donner ton code. Si quelqu'un arrive sur le forum en ayant eu le même problème que toi il sera ainsi dépanné et le sujet pourra être mis en [Réglé]

As tu essayé d'utiliser l'option --tblout de Jackhammer. En produisant un fichier tabulé tu ne devrais pas avoir trop de problème à parser tes résultats?

Bonjour,

Je viens de réaliser les assemblages denovo de 64 génomes bactériens issus de séquençages 454. Mes génomes d'intérêt sont AT-riches (80%) et la présence de nombreux homopolymères confère...

Merci Beniou, cela fonctionne parfaitement :ccool:

Je suis également en problème avec l'analyse de résultats de blast, plus précisément lors du parsing des résultats.
Certaines des query ne produisent pas de résultat de recherche de similarité,...

J'ai au final trouvé un solution ne passant pas l'utilisation des coordonnées. Je poste le code en dessous. Il permet de parser un Genbank afin d'obtenir un fichier fasta multiséquence contenant dans...

J'ai testé aussi bien avec fichiers genbank locaux qu'en faisant appel à ceux du NCBI. Ces objets étant identiques, je n'ai pas de problème pour parser l'un ou l'autre.



Apparemment, je n'étais...

Bonjour,

Je suis souvent venu sur ce forum pour trouver des solutions. Après quelques heures de recherche c'est mon tour de vous poser un problème (certainement tout bête) que je n'arrive pas à...