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Dans ton project, par le Package Explorer, ou le Project Explore, tu dois voir un item appelé "Referenced Libraries". Si tu l'ouvres, tu vois bien dans la liste protege.jar ?

java.lang.NoClassDefFoundError veut dire que Java ne trouve pas la définition d'une classe, en l'occurence ici : org.protege.editor.owl.model.hierarchy.roots.Relation

Tu as bien récupéré le jar de...

Je suppose que la méthode ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(urii); admet uniquement des URLs, donc la syntaxe devrait être :


String urii = "file://D:/ontologies//essai1.owl";

Salut,

Remplace ton catch par :

catch(Exception e){
e.printStackTrace();
System.exit(-1);
}

Qu'on sache de quelle erreur il s'agit.