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mon problème (de débutant peut-être) venait du fait que ma page principale était faite d'un tableau dans lequel le cadre central exécutait "mes includes". Lorsqu'une page include était "trop grande"...

Normalement les robots lisent les liens html / php se trouvant dans la source des pages html/php, donc il visitera aussi les liens des iframes !! comme les frames donc je vois pas où est le pb ?
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je ne suis pas un pro du desgin des sites web, mais franchement tu fais au plus simple !! (iframe me semble + simple qu'un include).
Quant au référencement, une seule page est nécassaire (quelque...