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quelle est la source/destination de ton fichier?

la solution de fileUpload permet d'uploader un fichier du post client, après tu peux soit le mettre quelque part sur ton serveur web, ou l'envoyer...

tu peux utiliser les deux, une applet est exécutée coté client, alors que les servlet s'exécutent coté serveur, ce n'est pas le même principe..

tomcat est juste un serveur web, il ne peut pas recevoir comme ça des fichiers, tu peux soit installer un serveur FTP, sur le même serveur web ou sur un autre serveur pour partager les fichiers.

Si c'est un serveur FTP, tu peux utiliser l'api d'apache commons-net, FTPClient. avec du SFTP l'api apache commons VFS.