Discussion :

[Mydriaze]

Bonjour à tous,

Je voudrais utiliser pyscheme pour tout ce qui est calculs scientifiques dans mes scripts python pour gagner en vitesse.

Numpy est beaucoup trop lent.
Normalement on utilise du C pour les parties calculs mais je ne l'ai pas appris.

Que pensez vous de pyscheme? Est ce que je ne perds pas plus de temps en appelant le module que je n'en gagne en lui faisant executer mes calculs? (ce sont des calculs de distance entre matrices 16x16 donc assez simples mais relativement long car reitérés de nombreuses fois)

Merci par avance pour votre avis

[rambc]

Bonsoir,

Numpy est beaucoup trop lent.

Oui et non. J'ai lu plusieurs articles qui expliquaient que numpy doit être utilisé avec prudence pour avoir un résultat optimum. Si je me souviens bien, on parlait de vectorisation des calculs.

ce sont des calculs de distance entre matrices 16x16 donc assez simples mais relativement long car reitérés de nombreuses fois

Peut-être que la lenteur vient de là... Utilises-tu des boucles Python ?

Je caricature mais par exemple lire un tableau numpy via Python qui lui élèvera par exemple au carré les entrées pour obtenir le tableau carré sera forcément lent étant donné qu'on ne fait appel à numpy que pour stocker les données et non pour les manipuler.

Tu pourrais poster un code ici et des personnes plus avisées que moi pourraient peut-être t'indiquer une méthode efficace.

[Matthieu Brucher]

Tout à fait, il faut que tu vectorises à fond. Si tu ne fais que des distances entre matrices 16x16, il y a sans doute moyen de vectoriser.

Après, si tu veux vraiment mettre un peu les mains dans le cambouis, c'est :
- Cython
- Numpexpr

pyscheme ne sera, à mon avis, pas plus rapide que numpy car il ne permet pas de passer par des fonctions de calcul C/Fortran/C++.

[Mydriaze]

Euh... oui mais non....
C'etait pas ma question

Désolée je me suis mal exprimée.

En fait, le probleme vient de la compilation.
D'apres ce que j'ai compris.
Tous les langages compilés vont beaucoup plus vite que les non compilés ou les semi compilés comme python.
http://norvig.com/python-lisp.html

Ce que les etudiants avant moi ont fait sur ce projet, ce sont des scripts C, compilés et importés dans les scripts python.

Mes matrices, ce sont le resultat de calculs issus de scripts C, et ensuite je fais des calculs de distances dessus.

je compare chaque matrice à toutes les autres.
Donc ça se fait dans des boucles.
Et ça represente des milions de calculs.
Mon nombre de matrice evolue de façon exponentielle avec le temps.

Ce que je cherche à faire , ce sont des scripts compilables en scheme (c'est un dialecte de lisp), pour faire les calculs et les importer dans les scripts python ...
Mais effectivement, comme pyscheme n'est qu'un interpreteur... ça ne va pas le faire .... Il faudrait trouver quelque chose qui passe les fonction scheme...

Je vais regarder pour - Cython et Numpexpr , voir comment ça marche...

Merci pour l'aide en tout cas !