Discussion :

[Marciane]

Bonjour,

J'espère poster dans la bonne section... Je cherche un moyen de combiner python et php. En clair, j'ai un script python qui effectue des calculs sur des séquences protéiques grâce à des matrices de score (passons sur les détails). Je dois créer une interface web avec php qui me permette d'utiliser ces données pour afficher des graphes de scores, éventuellement des liens vers la PDB (protein data bank)...

J'ai trouvé une librairie graphique, Artichow, qui permet de tracer des graphes avec php. Je voudrais pouvoir lui donner en paramètres des valeurs renvoyées par mon script python.

Par ailleurs mon script python doit prendre pour paramètres des données renseignées dans un formulaire html, qu'il faudrait donc que je récupère en php avant de les donner à python...

Je cherche donc un moyen de passer des variables de php à python, et inversement... En cherchant un peu sur le net j'ai trouvé ici une extension de php qui permettrait d'utiliser des objets python, mais je ne comprends pas bien comment l'utiliser, ni même si ça me permettrait de résoudre mon problème...

Si vous avez quelques indications sur cette extension, un tout autre solution pour combiner les deux langages, je suis donc preneuse !

[airod]

, si rien n'est fait en php, pourquoi ne pas faire en python?
avec le module mod_python pour apache, la logique semble etre la meme qu'en php avec apache.

[Marciane]

Um en fait je suis actuellement en stage, et c'est ainsi qu'on me demande de le faire...

Mon maître de stage m'a dit qu'il était possible de faire tout ça assez simplement, en me montrant ce bout de code pour exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$command = "./scanintPIB08  $nonredo $Type $vnorm $motif";
 
echo $command;
 
$sortie = `$command`;
 
#echo "<pre>$sortie</pre>";
 
$line=split("\n", $sortie);

le fichier scanintPIB08 étant censé être le nom du script python, ceci dit ledit fichier ne contient visiblement que du php... Bref je ne comprends pas, et j'aimerais donc trouver une moyen de faire ça moi-même à partir de zéro. J'ai trouvé une balise php qui permet d'appeler un script python :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

<?php execute test.py;?>

mais après je ne vois pas bien comment faire "transiter" les différentes variables... Est-ce seulement possible ?

[wiztricks]

mais après je ne vois pas bien comment faire "transiter" les différentes variables... Est-ce seulement possible ?

Techniquement c'est possible.

La passerelle CGI vous permet d'avoir des pages HTML contenant du PHP qui peuvent appeler des scripts natifs écrits dans ce que vous voulez: Python, Bash, PHP, Perl. C'est l'exemple que vous a donné le prof.

Une fois la mécanique d'appel traitée, la difficulté est de passer des paramètres et de récupérer les retours et/ou les sorties du script appelé. Vous allez utiliser cela pour construire le contenu de la page HTML retournée dans le navigateur de l'utilisateur.

Faites un dessin avec en colonnes: navigateur, http, cgi, php, script python, bibliothèque python,... et gribouillez les échanges de messages entre les différentes colonnes.

Passage de paramètres.
C'est PHP qui récupère les valeurs dans la form et qui les descend en paramètres du script Python.
Récupération des résultats.
Question: quelle est la quantité de données? Peut on passer par des variables ou est-il plus raisonnable de faire transiter cela par un fichier temporaire?
- W

[Marciane]

Mon formulaire doit me permettre de récupérer une séquence d'acides aminés de n'importe quelle taille qui sera traitée par l'une de mes fonctions python, et entre 1 et 12 paramètres sous forme de cases à cocher, qui vont orienter les calculs de score sur ma séquence (autant de calculs que de paramètres cochés). Je pense que je peux faire ça en CGI ça ne doit pas être trop compliqué...

Ensuite côté résultats, si j'ai 1 paramètre je récupèrerai une liste de scores, autant de score que d'acides aminés dans ma séquence (donc potentiellement conséquent). Si j'ai 12 paramètres j'aurai 12 listes de scores... Chaque liste me servira à tracer un graphe, et là faut que j'utilise une librairie graphique pour php.

J'espère que c'est assez clair ?...

[wiztricks]

Faites marcher l'exemple du prof, vous pourrez l'améliorerez ensuite.
- W