Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	# recherche des positions des nucléotides dégénérés
	if(my @positions = $seq_cons =~ /([^ATCG])/ig){
		map{print "$_\n";} @positions;
	}

Dans ce code, je récupère les motifs trouvés. Je sais qu'il y a moyen de récupérer la position des motifs via $-[0], $-[1], $-[2] ... mais comment les faire entrer dans ma liste? Je n'ai besoin que des positions et non des valeurs récupérées.


Merci pour votre aide,

[Jasmine80]

J'ai une solution mais existe-il plus simple?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $i = 0;
 
	# afin de ne pas modifier ma séquence consensus
	my $copy_seq = $seq_cons;
 
	# recherche des positions des nucléotides dégénérés
	while ($copy_seq =~ s/([^ATCG])//i){
		print $-[0] + $i."\n";
		$i += 1;
	}

Merci,

[Jedai]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print "$-[0]\n" while $seq_cons =~ m/[^ATCGatcg]/g;

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Jedaï

[Jasmine80]

Si j'ai bien compris, la boucle while s'effectue sur la liste renvoyée grâce au //g.


Merci pour ton aide.

[Jedai]

Si j'ai bien compris, la boucle while s'effectue sur la liste renvoyée grâce au //g.

Non, m//g se comporte différemment en contexte scalaire ou de liste, ici il est en contexte scalaire, ce qui signifie qu'il ne fait qu'un match à la fois.
Plus exactement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $result = ($str =~ m/match1/g); # seul le premier match1 est renvoyé
$result = ($str =~ m/match2/g); # si le match1 a réussi, alors match2 est essayé après la fin du match1

alors que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @result = ($str =~ m/match1/g); # tous les match1 sont renvoyés
@result = ($str =~ m/match2/g); # que le match1 est réussi ou non, le match2 est essayé depuis le début de $str et tous les matchs sont renvoyés

Le résultat c'est qu'on peut utiliser un while en conjonction avec m//g pour faire une boucle sur l'ensemble des matchs dans une string (mais il n'y a jamais de liste créée, les matchs sont examinés un à un).

On peut également utiliser ce système pour faire un lexeur lisible en Perl.

--
Jedaï

[iblis]

En fait on peut dire, si cela peut t'aider à comprendre le mécanisme, que l'opérateur de match est (ou agit comme) un itérateur.

[Jasmine80]

Code Jedai :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $result = ($str =~ m/match1/g); # seul le premier match1 est renvoyé
$result = ($str =~ m/match2/g); # si le match1 a réussi, alors match2 est essayé après la fin du match1

Je ne comprends pas ce que tu veux dire car même si la première expreg échoue /U/, la seconde est évaluée /H/.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $str = 'atgtcgRatgtaccgHtgagct';
 
# 1) contexte de scalaires
my $result = ($str =~ m/U/g); # seul le premier match1 est renvoyé
$result = ($str =~ m/H/g); # si le match1 a réussi, alors match2 est essayé après la fin du match1
print "2 => $result\n";		# 1

Dans ce contexte scalaire, je n'obtiens que des 1 ... je ne vois pas le lien entre le match1 et le match2 pour qu'il y en ait un il faudrait faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (my $result = ($str =~ m/match1/g)){
	$result = ($str =~ m/match2/g); # si le match1 a réussi, alors match2 est essayé après la fin du match1
	print "2 => $result\n";		
}

On peut également utiliser ce système pour faire un lexeur lisible en Perl.

Un nouveau mot à mon vocabulaire

Lexeur. Affiner le filtrage avec des mots clés

[iblis]

Ce que veux dire Jedaï, je crois, est qu'en contexte liste l'ensemble des mtach est réalisé et donc tu ne peux pas reprendre là où tu en étais (puis que tu as épuisé les matchs possibles) alors qu'en contexte scalaire, tu procèdes match par match (c'est que j'ai appelé un itérateur).

[Jedai]

Essaye de lire la section "Global matching" de ce paragraphe de perlretut, il explique ce que je t'ai montré, plus ou moins.

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Jedaï

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# The modifier //g  stands for global matching and allows the matching operator
# to match within a string as many times as possible.
 
# But what if we had an indeterminate number of words? 
# To extract all words loop over all matches with /(\w+)/g :
 
my $seq = "sagtachtrc";
 
while ($seq =~ /([^atcgATCG])/g) {
	print "Letter is $1, ends at position ", pos $seq, "\n";
}

J'ai bien compris que dans ce contexte scalaire, les motifs sont trouvés un à un. Contrairement au contexte de liste où //g renvoie en une fois l'ensemble des motifs trouvés.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @sequences = ("atgtvcgta", "atgtcgata", "gatgtmtagtcn");
 
# If you don't want the position reset after failure to match, add the //c , as in /regexp/gc . 
foreach my $s (@sequences){
	while ($s =~ /([^atcgATCG])/gc) {
		print "Letter is $1, ends at position ", pos $s, "\n";
	}
}

Qu'appelle-t'on exactement un échec à trouver le motif? Est-ce dans une même séquence ou est-ce pour une liste de séquences? Dans mon script que j'utilise //g ou //gc ... cela ne change rien. Pourtant toutes les lettres de mes séquences ne match pas et même sans le //c, pos $s n'est jamais remis à zéro. Pourrais-tu me donner un petit script montrant l'utilité de //c?



Merci beaucoup,

[Jedai]

Qu'appelle-t'on exactement un échec à trouver le motif? Est-ce dans une même séquence ou est-ce pour une liste de séquences? Dans mon script que j'utilise //g ou //gc ... cela ne change rien. Pourtant toutes les lettres de mes séquences ne match pas et même sans le //c, pos $s n'est jamais remis à zéro. Pourrais-tu me donner un petit script montrant l'utilité de //c?

Avec mon histoire de lexeur par exemple.
Il y a de meilleures façon de faire ça, mais supposons qu'on veuille lexer une somme en une devise inconnue :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $gold = "17 £";
 
my $how_much = ($gold =~ m/(\d+)\s*/g);
if( $gold =~ m/£/gc ) {
  print "$how_much pounds\n";
} 
elsif( $gold =~ m/$/gc ) {
  print "$how_much dollars\n";
} 
elsif( $gold =~ m/€/gc ) {
  print "$how_much euros\n";
}

C'est un exemple à la con, mais dans des cas plus complexes, le /gc peut être intéressant.

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Jedaï

[Jasmine80]

Merci pour les explications.