Discussion :

[jobim08]

Je suis à la recherche des outils permettant de faire le CONTIGAGE de séquences. Savez vous comment faire le contigage des séquences ADN et quels outils?

Merci en avance!
jobim

[sohnic]

Bonjour,
Cap3 et phrap parmi d'autres sont les premiers qui me viennent à l'esprit et il me semble les plus couramment utilisés. Tous deux sont telechargeables librement et tres bien documentés...

Sohnic

[koaku]

Je confirme le trio phred/phrap/conced permet de faire ça et est courrament utilisé. Sachant que phred utilise cap3 pour le contigage. Une petite précision, il est important de pouvoir disposer des fichiers de qualité liés aux fichiers de sequençage pour obtenir de bon résultats de contigage.

[jobim08]

Je confirme le trio phred/phrap/conced permet de faire ça et est courrament utilisé. Sachant que phred utilise cap3 pour le contigage. Une petite précision, il est important de pouvoir disposer des fichiers de qualité liés aux fichiers de sequençage pour obtenir de bon résultats de contigage.

Est-ce que vous savez comment lancer plusieurs jobs pour le contigage en utilisant, par exemple, PHRED,PHRAP, CONSED,CAP3 ou PCAP? Par exemple j'ai 6 séquences à contiger qui sont contenus dans le même fichier FASTA. Et je voudrais contiger séparément 2 premiers séquences en 1e job et les 4 dernières séquence en 2e job.

[Jasmine80]

Pour ce qui est de récupérer et de grouper tes séquences, tu peux utiliser le module Bio::SeqIO. Par contre pour ce qui est de créer un contig, je n'en ai aucune idée.

Sur le CPAN si on recherche des modules avec le mot clé 'contig', on retrouve 2 modules permettant de manipuler des contigs mais pas de les créer

Bio::Assembly::Contig - Perl module to hold and manipulate sequence assembly contigs.
http://search.cpan.org/~birney/biope...mbly/Contig.pm

Bio::Map::Contig - A MapI implementation handling the contigs of a Physical Map (such as FPC)
http://search.cpan.org/~sendu/bioper.../Map/Contig.pm


A ta place, j'effectuerais une recherche sur le CPAN par nom de software
par exemple avec le mot clé 'Cap3', tu trouves le module Bio::Tools::Run::Cap3 - wrapper for Cap3
et avec 'CONSED' le module Bio::Tools::Alignment::Consed

http://search.cpan.org/

[koaku]

Salut

Je me suis pas intéressé aux modules bioperl quand j'ai eu à faire du contigage mais c'est surement intéressant. Concernant l'utilisation de phred/phrap/consed, je me souviens que certaines options de phrap (c'est lui qui fait le contiogage à proprement parler je crois) permettent definir des "ancrages" pour les clusters, autrement dit tu dois pouvoir choisir quelles séquences tu veux comme "reference" de ton cluster.

Donc tu installes au moins phred et phrap et tu lis les docs relatives

bon courgae

[jobim08]

Merci pour vos conseillés!

[jobim08]

Savez vous utiliser les packages suivantes

Bio::Tools::Run:hrap - a wrapper for running Phrap
Bio::Tools::Run::Cap3 - a wrapper for running Cap3

J'ai essayé de tester Bio::Tools::Run:hrap avec le code au dessous (sous système Windows) mais ça ne marche pas. Est-ce qu'on doit installer le package phrap? Actuellement on a que la version phrap pour le système Linux!?

Merci en avance!
jobim



use Bio::Tools::Run:hrap;
use Bio::SeqIO;

my $sio = Bio::SeqIO->new(-file=>$ARGV[0],-format=>'fasta');
my @seq;
while(my $seq = $sio->next_seq()){
push @seq,$seq;
}
my $prun =Bio::Tools::Run:hrap->new(arguments=>'-penalty -3 -minmatch 10');
my $assembly = $prun->run(\@seq);
foreach my $contig($assembly->all_contigs){
my $collection = $contig->get_features_collection;
foreach my $sf($collection->get_all_features){
print $sf->primary_id."\t".$sf->start."\t".$sf->end."\n";
}
}